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而洪承疇整軍的重點當然是南征之後收降的明軍。因為滿漢旗軍、綠營的編制己經比較完善了，用不著洪承疇來重新編整，而且這裡的關糸也錯綜複雜，洪承疇也不願意去趟這灘混水。收降的明軍不僅人數眾多，而且來源也十分複雜，而且各將手下的兵力也不相等，有多有少，不過洪承疇下令將其全部打亂，然後重新分組整編。

洪承疇將降軍一共為八鎮，四大四小，以劉良佐、劉澤清、左夢庚、金聲桓四人為大鎮，每鎮擁兵一萬五千人，土國寶、劉進忠、王得仁、郝效忠四人為小鎮、每鎮一萬人。這樣一樣各將的兵力都拉平了，不會有特別突出的。

在兵力的分佈安排上，洪承疇在江北佈置了十萬人馬，甴貝子滿達海坐鎮歸德府，全面指揮江北的軍務，另外還有阿山、譚泰、佟圖賴、石廷柱滿漢各兩名固山；而在南京一帶佈置十二萬左右的兵力，由多鐸在南京坐鎮，手下有屯齊、尹拜圖、劉之源、金礪。以及蒙古各旗等人。其餘的人馬都作為機動兵力。

同時又命山東的阿巴泰，派遣一部份人馬駐守兗州，牽制商家軍在魯南的兵力，減輕自己在江淮一線的壓力。

而在文治方面，洪承疇委任申朝紀出任河南巡撫，吳景道任河南布政使；張文衡為淮安府知府，兼授淮安道；金之俊為鳳陽府知府，兼任淮安巡撫；馬之先為武������嬡魏�閶哺В�跚逄┤魏�輩頰�梗磺厥漓蹺��涎舶矗�♂肺��喜頰�梗�對鴯芾碭韉氐拿裾�攣瘢�哺�裰冢�妹餷�浮⒒指瓷��２⑶蟻鋁罡韉刈ぞ��壞萌琶瘛�

同時洪承疇又向湖南、江西、安徽各省發檄進行招撫，只要是向清軍投降，原官、司均可留任，並不念舊故。並且又嚴令耿仲明、尚可喜等人，凡事主動向清軍歸降的各州府縣，均不得侵撓劫掠，當以安撫為主。

不過對商家軍的措秩則是實行全面封鎖，洪承疇要求，在浙江、江北、山東地區，完全封鎖住雙方的邊境線，絕對禁止有人透過邊境，和商家軍聯糸，也嚴禁商販前往商家軍的地區經商。一經發現，必然嚴懲。

因為洪承疇瞭解到，現在商毅的主要財政來源是依靠海外的貿易收入，僅靠浙江一省的生產，根本就支援不了商家軍的戰事開支。但進行海外貿易，需要靠內陸提供大量的商品，才能為海外貿易保障充足的貨源。儘管現在浙江可以自行生產大量的生絲和絲綢，但其他商品也都需要從內陸購進，為了吸引商人，浙江地區己經將商品的收購價格提高了三倍。

為了追求大的利潤，在商家軍和清軍對持的時候，乃然有許多商人冒險將各種商品，穿過清軍佔領地區，運到浙江來販買。當然在透過清軍防區的時後，商人都會向他們進奉大量的錢財進行賄賂。而這一筆錢自然也都落入了私人的腰包中，因此各地駐守的清軍對此也是睜一眼閉一眼，畢竟和錢過不去的人還是少數。而且商家軍安插在南京、江淮的情報人員，也主要是透過這些途徑，把情報訊息傳入到浙江。

洪承疇對這種現像當然十分清楚，因此才下令必須全面斷絕，徹底浙江的商品供應，雖然在短期內效果不會太顯著，但時間長了，雖然不能從經濟上完全拖跨商毅，但也可以使浙江的收入大減，從而大大削弱商毅的力量。同時也可以加大商家軍的情報傳遞的困難。

對洪承疇這樣的安排佈置，多鐸也全力的支援，並且派自己的親衛隊組成監查隊，在各條防線進行巡查。

而在湖北地區，不過洪承疇到並沒有急於向商家軍的湖北根據地發動進攻，因為軍隊重新編組，調整都需時間。只是首先命令貝子尚善領軍駐守黃州，為下一步征剿湖北的商家軍做準備。而且封鎖得也更為嚴密，在雙方的邊境線附近，一屢不許駐留人口，房屋建築田園一屢拆毀。凡是敢和商家軍有來住的人員，一屢格殺無。要將商家軍在湖北的根據地徹底孤立起來。

因為洪承疇知道，商家軍在湖北的根據地還不能達到自給自足，需要浙江的支援，而浙江對湖北根據地的支援，主要是依靠長江水道，因此想要進攻湖北的商家軍，首先就要阻止商家軍從長江的援助。因此洪承疇也開始著手整頓湥Ь�乃���

自從清軍在龍山水戰失利之後，湥Ь�倉亟�俗砸訓乃���扒昂蠛笥終骷�剿奈灝偎掖笮〈�唬�還�寰�乃��饕�故歉涸鷦聳浯蠖尤寺恚�約拔鎰識山���皇嗆蛻碳揖�