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不過商毅表示仍然奉立這三個明藩朝廷為正朔，也算是給足了他們面子，儘管誰都知道，這僅僅只是在名議上，但回去之後也能夠自圓其說。而對南京方面來說，重視的是實利，而不是虛名，何況南京政府本身就是一個獨立的政權，基本上也不會和三個明藩朝廷有什麼官方來往。

而三個明藩朝廷承認商毅靖北王的稱號和封地，也不過是順水推舟，因為商毅己經稱王了，封地也佔領了，承不承認也都一樣。

協議的其次內容，是正式確定三個明藩朝廷的疆土範圍以邊境，並且規定發生摩擦事件，只能用協商解決，或請第三方調解，但在互相之間不得無故興兵襲犯，否則其他各政權將聯合對其進行打擊。而除目前各方所擁有的地區之外，其他的地區將由各方自己搶佔，誰打下來歸誰。

在承認了第一條的大原則之後，這一條是爭議最小的，因為三個明藩朝廷都是不思進取，得過且過之輩，能夠守著自己這一畝三分地，當幾天太平皇帝，過幾天舒坦日子就心滿意足了，別人不來打自己就謝天謝地，誰都沒有興趣再去打別人，致於統一天下，還是算了吧。而各朝廷內部的官員也都忙著爭權奪利，能夠在一個外部穩定的環境中爭權奪利，當然也受各方的歡迎。

協議的最後內容，都是針對清廷的。包括的內容有：南方各朝廷都與清廷勢不兩立，以收復失地為己任，並且約定首先收復北京的一方，將為天下共主；與清廷發生任何官方來往、簽定和約、南方都必須以一個整體進行，任何一方都不得私下與清廷簽定任何協議、和約；任何一方遭受清廷或其他勢力的攻擊，其他三方都有義務出兵支援；而三個明藩朝廷如果要出兵北伐，商毅將為其讓路。

關於這部份內容，其他的到沒什麼，因為現在長江中下游都是商毅的地盤，除了永曆朝廷有一部份和四川接壌之外，其他都和清廷沒有直接相鄰；誰都不擔心清軍會打過來。因此簽定四方攻守同盟，永曆朝廷也很滿意，而其他兩方也都沒有意見。

而爭意最大的是收復北京者為天下共主，因為誰都知道，現在的南方有實力收復北京，只有商毅。因此這一條等於是為商毅量身定做，但誰也無法提出反對意見來，畢竟不能說自己收復不了北京。

而對南方除商毅之外，唯一一個真心想和清軍作戰的鄭成功集團，商毅也在私下答應他們，下一次與清廷作戰，一定會叫上他們一起出兵。並且在長江北岸的沿海地區，也讓出一個地方，供鄭軍駐軍，屯積糧草物資。因此鄭成功集團也全力支援這項協議。

當然還有一些其他的次要內容，比如各方都將開放各自的邊境地區，互相通商往來，降低關稅，流通商品貿易；允許［杭州時報］在其他三個朝廷內自由發行；南京政府也邀請三個明藩朝廷派遣官員，留駐南京，以便於互相聯絡溝通等等。因為這些事項並不涉及各方的根本利益，到也並沒有引起多少爭議，很快也就確定下來了。

這份在後來被稱為是南方抗清統一戰線形成的標誌性檔案，也就是這樣被搗鼓出來了。而在後來的檔案、曆書中，將這件檔案稱為【南方聯盟協議】。

各方代表在協議上籤好名之後，也都帶著各自的一份協議，離開南京，返回自己的朝廷。不過在各自的朝廷中又都引發了一場爭論，有人贊成、也有人反對。不過各方的實權人物心裡都清楚，現在南方三朝廷根本無法與商毅相抗衡，而且這協議對自己來說也多少有一些好處，而不利的地方，似乎在目前還真的沒有，一但不承認這協議，萬一把商毅給遭惱了，真的打過來怎麼辦？

另外其他三方的不少大臣們也都有這樣一個想法，反正有商毅在前面擋著清廷，就讓他去和清廷硬拼，等到他們拼個兩敗俱傷，自己也好坐收漁利。因此在這多重因素之下，雖然也經歷了一番爭吵，但最終還是認可了這份協議。而隨後各方又都各自投入到權力鬥爭當中去了。至於協議，也沒人再理會。

三個明藩朝廷內部的事情，商毅從情報部門那裡也都陸續知道一些，大體的發展並不出他的預料，雖然從理論上說，簽定的協議本身並沒有太大的約束力，隨時都可以被撕毀，但三個明藩朝廷肯派人到南京來參加會談，就基本表示了各方對會談結果的主要態度。而且協議也充份照顧到各方的現實利益，因此在時局沒有發生明顯的變化之前，各方也都不會輕易違反這份協議，至少也可以維持一段時