淮地區得到自己手裡了，並非是一無所獲。因此商毅下令，第一軍立刻向江淮地區進軍，駐守揚州的部隊馬上進駐鳳陽府；駐守和州、滁州的部隊進軍廬州府；駐守江南的部隊進駐安慶府，一面接管地方，維護治安，穩定住百姓，一面追擊清軍，將清軍的破壞活動降到最低。

同時又命周少桓領第四軍立刻佔領淮安府，然後向徐州地區發動進攻，迫使清軍收縮兵力，儘快撤軍。而湖北軍區也由黃州府跨過大別山，向河南府的汝寧州地區發動進攻，也是牽制清軍的兵力。

隨後又命行政司立刻安排人手，分別向江淮地區運去大量的糧食、鹽、帳蓬等生活必用品，以免引起難民**，但對己經發動**的難民，則要給予堅決時打擊，絕不能手軟。如果人手不足，就從湖南、江西地區抽調一部份軍隊。

周士奇、王夫之等人也深知流民的危險性，一但處理得不好，就容易引發大規模的農民起義，說起來明朝其實就是毀在流民，因此也都不敢怠慢，立刻開始佈置起來。

一直到一個月之後，商毅連續收到了北京發回來的情報訊息，才知道這次清軍的江淮大撤退，其實是有著非常複雜的政治鬥爭背景的。

原來丟失了湖北之後，濟尓哈朗退守到南陽，這個時候他己經完全明白，自己根本不是商家軍的對手，湖北、江淮本來就是守不住的地區，自已被派南下督師，根本就是自找罪受，反到是替多爾袞承任了這次失敗的罪名。因此濟爾哈朗也是又氣又恨，但心裡也明白，自己想借南征慘敗來扳到多爾袞的計劃，己經徹底失敗，在連失湖北、江淮之後，自己想取代多爾袞是根本就不可能的事。於是也主動上奏朝廷，為自己這次失敗請罪，並表示自己願意退歸林下，永不問事。其實就是向多爾袞認輸了。

等濟尓哈朗的請罪奏章送到北京時，多爾袞還在稱病不住，仍然是由代善代理攝政王事，而回給濟爾哈朗的旨意中，並沒有批准濟爾哈朗的請辭，只是將他責備了一番，但命他立刻開始佈置守衛江淮。不過在聖旨的最後，說得十分含糊，只說江淮之地，可守則守，不可守棄，一切可以便易行事。

濟尓哈朗一看就明白，這是朝廷準備要放棄江淮，但又不願擔這個責任，正好可以把丟失江淮的責任推到自己這個替死鬼的頭上來。不過事情到了現在這一步，也沒有別的辦法，反正己經失了湖北，只能再當一會替罪羊了。因此濟爾哈朗把南陽的事情交給勒克徳渾，自已來到鳳陽，開始著手佈置撤軍。

果然清軍連失湖北、江淮的結果傳回北京之後，整個清廷也再一次被震驚，而且這一次不同於南京失守和遼東被襲，南京畢竟是遠在江南，至多是不會讓清廷統一天下，而商家軍對遼東只是突襲，不會長久。而湖北、江淮地區則不同，它們都是位於中原腹地，不僅是江南的屏障，同時也是北方的外層前沿，一但湖北、江淮失守，中原、關中地區也就將直接面對商家軍的兵鋒。而接下來；就是京師。

儘管湖北和江淮失守，不一定就意味著京師不保，但照這樣的勢頭下去，誰敢保證，商家軍不會一鼓作氣，一直從南京打到北京來呢？

而且還是屋漏又遭連夜雨，商家軍就夠讓人揪心的了，偏偏又在這個時候，吳三桂從四川發來奏章，向朝廷報告四川的戰事情況，吳三桂也表示，現在川中基本平定下來，自己麾下己經擁有三十萬大軍，留在川中也無事，因此也願意聽從朝廷的調遣，出川和商家軍作戰。

朝中的大臣誰看不出來，吳三桂那是向朝廷請戰，分明就是在威脅清廷，要不然幹嘛宣稱自己有三十萬大軍呢？

就在第二天，四川又有公文傳到北京，不過這次不是吳三桂寫來的，而是四川的地方官員，以及清軍的將士們聯名向朝廷發來的上奏，稱四川初定，還有明朝、大順軍、大西軍的殘餘勢力尚未肅清，而且在外又有商家軍在湖廣虎視眈眈，四川尚不安穩，現在唯有吳三桂才能坐鎮四川，才解夠力保川中穩定，因此希望清廷讓吳三桂留守四川，開府理事，不可輕易調離。

原來現在吳三桂己經佔領了川中和川南的十二個州府，擁有四川大半地區，而且兩個主要的大郡，成都和重慶也都在吳三桂的控制之中，同時人馬也擴充套件到十五萬左右，現在也是坐鎮一方的割據勢力了，吳三桂當然不想再繼續受制於清廷。

而就在這時候，商家軍已經佔領了湖廣，和四川東部全面接壤，吳三桂也大吃一驚；急忙派兵加強川東的防守。不過商家軍暫時還沒有對四川用兵的意圖，而是把目標放在江準，因此在佔領了湖廣之後，也就按兵不動