在南明的南京朝廷時代，黃宗義的表現和其他東林黨人並沒有什麼區別，視野狹礙，思想頑固，觀念偏激，但卻偏偏又自以為清高道徳，自以為事，眼高手低，不僅沒有為南明朝廷做多少實質有用的工作，而且只顧內鬥，不顧大局，使南明的力量在內耗中不斷削弱。而在這方面，黃宗羲也可以算是東林黨的一個典型代表人物。甚致可以說南明南京朝廷的短命，包括黃宗羲在內的東林黨也有不可推缷的責任。

而且在南明滅亡之後，有一些學者也在反思東林黨的行為，只有黃宗羲依然全力在為東林黨辯護，他的觀點是東林黨都是正人君子，凡事與東林黨作對，或意見不同，就是奸佞小人。而後世的學者往往出自對黃宗羲在學術思想上成就的尊重之情，只好對黃宗羲在這段時期的表現和政治觀點避而不談，有意忽略。

不過儘管黃宗羲在政治上的表現差強人意，甚致可以說是十分拙劣，但商毅也不否認，黃宗羲在思想、學術上的成就，確實達到中國古代最高境界，被稱為宗師絕對一點也不過份。畢竟是人無完人，一個優秀的思想未必就是一個高明的政治家。這種顯像也並不少見，在另一時空裡的二百多年以後的那位康聖人，同樣在思想成就上獨樹一幟，但在政治上的表現幼稚得連兒