有東林黨在推波助瀾的份，說白了有一部份東林黨在這個時候，己經有些喪心病狂了。

因此在後世有人猜測，這個北來太子其實是東林黨故意弄出來的，不過也有人認為，東林黨還沒有那麼大的膽量，敢弄出個假太子來，很有可能是滿清為了弄亂南京的局面，搞出來的一個人物，結果東林黨還真就上了當，把個假貨當了寶。

不過在這個時候，無論是東林還是馬士英，都有意把朱媺娖這個最有資格來分辯太子真假的人，給忽略掉了，而原因恰恰就是因為，朱媺娖才是最有資格來分辯太子真假的人，一但她直證出一個結果，另一方就很難反駁得了，而東林和馬士英都不敢肯定，朱媺娖會按照自己的意思來指證太子的真假，因此只能同時選擇無視她的存在。

但就在左良玉的東進檄文發到南京之後，忽然有人開始呼欲，請朱媺娖進京來指證太子的真假，以將真像大白於天下。很快這股呼聲就越來越大，包括江北四鎮的黃得功、劉良佐，湖廣總督何騰蛟等地方大員也被驚動，紛紛上書要求，請朱媺娖進京來分辯太子的真假。而東林黨和馬士英顯然都不能再無視這種聲音，朱由崧也只好下旨，到杭州來招朱媺娖進京。

商毅當然知道，朱媺娖絕對不去把一個假太子指認為真的，而這樣一來，自己也勢必會得罪東林中的一部份頑固份子，也就是說有可能徹底與東林黨的一部份人員為敵，從而捲入南京的政治漩渦之中。不過既然南京朝廷正式下了詔書，也就意味著這一次是難以躲過去了。對於商毅來說，既然躲不過去，那就去正面直對，雖然不想惹事但也絕不怕事。

不過在返回之前，一定要揚州防線佈置一下，在後世就是因為回援南京，抽光了江淮的兵力，結果在多鐸的大軍南下，由歸徳到揚州，一千多里的地方一路暢通無阻，直接就殺到了揚州城下。

雖然史可法這時並不打算撤兵回援南京，還想上疏南京朝廷，表示對左良玉軍應示以招撫之意，那怕是給左良玉一個王爺封爵，自己可以隻身前往左良玉的軍中勸諭，邀其一起釋解前嫌，一同赴前線抗清。而當前還是應以防備清軍的進攻為主，並且請求朱由崧下令各部鎮軍，分屯泗、臨、淮、鳳陽、壽州等地，控淮河為防線，堵遏清兵渡淮。

不過商毅估計，南京朝廷根本就不會採納史可法的建議，多半讓他帶兵入援南京的可能性。而且就是史可法留在揚州，也好不到那裡去，因為史可法的軍事能力基本可以直接無視。不過商家軍的兵力有限，不可能守住整個淮河防線，只能夠以揚州為核心展開佈置。

好在是豪格雖然僥倖逃脫，但他這一路的人馬幾乎算是全軍覆沒了，暫時到是不用但心北面，因此商毅決定，在淮安只留下了二個營和水軍駐守，只要截斷黃河水道，基本可以保證這一線的安全。並留下成進帶領第一師的其餘士兵，駐守揚州，分守各處要路。隨後又命羅遠斌帶著運送物資的半個師駐守泗州、盱眙，保護揚州的西北側翼，而另外半個師作為後援兵力。

現在史可法也清楚自己的斤兩，知道想要守住揚州，只能依靠商家軍，因此對商毅的佈置也都一一照辦，而商毅佈置好了這些安排之後，才離開揚州，返回杭州。

這時在杭州城裡、葉瑤瑱和朱媺娖也在急切的等著他回來做出決定。還有周世奇、王夫之、李巖、李松晨，還有林之洋、李格非等人，都知道在太子案的背後，其實隱藏著許多厲害關係。浙江能夠有今天欣欣向榮的局面，一方面是甴於商毅集團確實治理有方，另一方面也是遠離南京的政治中心，沒有什麼外力干涉，可以一心發展自己。而這次公主進京辯認太子是一個大麻煩，現在南京的形式錯綜複雜，稍有不慎，就會捲入南京的政治漩渦中。

不過商毅在返回杭州的路上，己經想好了應對的辦法，當然在一些細節上，還需要和眾人再詳細搞定。因此回到杭州之後，商毅首先安慰了朱媺娖幾句，然後立刻招集葉瑤瑱、朱媺娖、周世奇、王夫之、李巖五人，開會商議這次進京的安排。只要商毅離開杭州，葉瑤瑱一直都代理政務，而周世奇、王夫之、李巖也事目前商毅手下主要官員，而朱媺娖是這次進京的當事人，因此只有這五人有資格參與這次的會議。

聽商毅說了自己的應對辦法之後，眾人也都認為這個辦法不錯，可以做到無論是東林黨還是馬士英都無話可說。因此對商毅的辦法又提了一些補充的意見。

不過商毅當然不會天真的以為，只要朱媺娖指認出太子的真偽之後，就能平息了這場紛爭，因為以東林黨的品行，是絕對不會甘心認輸