廷滅亡的責任推到馬士英身上，認為是馬士英當權，排擠了東林黨，才導致南京朝廷只堅守了短短一年的時間，但實際上，東林黨才要對南京朝廷的短命付主要責任。因此要說南明的南京朝廷是被東林黨整跨的，到是更正確一些。

東林黨從一開始擁立新君的時候，因為自己的私心和短視，犯下了嚴重的錯誤，才讓馬士英和江淮四將取得了擁立之功。而東林黨又不甘心承認失敗，從南京朝廷成立之後，不僅沒有提出多少有益的建議，做多少有用的工住。反而是處處和馬士英針鋒相對，凡事馬士英提出的主張，就堅決反對，凡事馬士英支援的，就一概否認，而無論是好是壞，是對是錯，完全就是為反對而反對，結果南京朝本來就有限的力量，也全部在耗在這種無益的內鬥上了。

因此商毅來到這個時代，一直都對東林黨敬而遠之，現在他既不想參與南京的內鬥，也不想和東林黨拉上關糸。之所以選擇和吳��獻鰨�且蛭�猱‘是這個時候的東林黨中少有的頭腦清醒，並知道處事變通的人，而且商毅還再三宣告，自己是和吳��鋈撕獻鰨��胝�齠�值扯嘉薰亍�

當然現在東林黨也沒空來理商毅，他們的注意力都放在朱由崧登基這一大事上，當然真正關心的，其實還是自各在新朝廷中的地位和勢力。因為朱由崧登基以成定局，那麼就儘可能多的在朝廷�