別人考慮得深了一層，他知道商毅不同於自己以前的敵人，在過去，無論是劉香還是李魁奇，都是海盜身份，而鄭芝龍接受了明朝的招安之後，搖身一變也成為朝廷官員，不僅能在沿海獲得立足之地，用時也得到了明朝在人力物力上的大力支援，因此在與他們的海上爭鬥中，也佔盡了優勢，最終成為最後的嬴家，對荷蘭人的戰鬥也同樣是如此。在這一點上，鄭芝龍比劉香、李魁奇等人明顯要高明得多。

因為商毅也是朝廷官員，官職比鄭芝龍還高，在朝中似乎還有不小的靠山，同時商毅還是浙江總兵，鄭芝龍有很大一部份商品都是從浙江購買，一但和商毅惡交，對鄭芝龍的商業影響也很大。而且從商毅過去的戰績來看，顯然和一般的眀軍大不相同，那怕這些戰績只有一半是真的，鄭芝龍也沒有戰而勝之的把握。因此用過去對付劉香、李魁奇等人的辦法來，以武力來對付商毅，顯然是行不通的。

而就在這時，北京失守，崇禎架崩，南京朝廷建立等一系列訊息也都傳到了泉州，在這種動盪的時刻，鄭芝龍也不得不把精力放在南京朝廷上，因此也只能放棄對商毅的關注。朱由崧登基之後，封鄭芝龍為安南伯，鄭鴻逵為靖魯伯，並駐守鎮江，按明朝的規據，鄭