也都傾向於繼續保持這項耕戰結合的制度，既使是為了以後的征戰，也只用保留五千左右的專職士兵就夠了，其他人還是該解散回家一邊務農一邊操練。這樣既能保證軍隊的數量，也能兼顧農業生產。

但商毅知道，現在留給自己的時間並不多，一年以後大明就完了，而清軍也將正式入關，那時的局勢困難比以前會更有過而不及，因此必須建立一支職業軍隊，在輔之以一定民兵軍隊才行。於是力主一定要建立一支人數在一萬五千到二萬左右的專職軍隊，其餘的人可以按民兵編組，半農半兵。

當然這個理甴商毅是沒法說出來，但他對眾人強調的是，現在清軍雖然退了，但流寇的活動依然十分頻繁，而且以經席捲中原，說不定什麼時候就打到山東來，而且自己也有可能會被朝廷調遣，去平定流寇，因此也有必要保留相當專職軍隊數量才行。

甚於士兵家裡的土地無人耕種的問題，商毅也早以經想出了一套規定：

一、在穆陵軍重新整編之後，毎一名正式士兵的服役期為六年，在服役期內，除了能夠拿到軍餉之外，毎名士兵的家庭可以分配到一百畝免稅土地。等服役期滿之後，土地的所有權就屬於士兵個人所有，並享受免役減稅的待遇。

二、如果士兵在服役期內戰死，或是因受傷殘疾而不能完成服役期，那麼土地也歸他或是他的家庭所有�