一線駐守，做為預備隊。並且把臨時的指揮部設立在上元府。

商毅剛剛把防守的兵力分派完，只有西安門外大街和珍珠橋十八街這兩條街佈置好了防守的兵力，其他幾個街道和地區的駐守軍隊才剛剛出發，清軍就以經從皇城中殺出來了。因此商毅也立刻下令，駐守西安門外大街的特種兵營立刻出動，向清軍發動進攻，以吸引清軍的兵力，好為其地各路軍隊進入自己的防區蠃得時間。而預備隊馬上在街上佈置防守陣地，準備接應。

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雖然皇城裡的細作在和商家軍的戰鬥中，處處受制，但在其他明軍的戰鬥時，卻打得心應手，充份發揮他們個人武力出眾，近戰能力強的優勢，很快就朝陽門開啟了缺口，清軍趁機也在城外發動猛攻，首先攻破了朝陽門，然後分兵兩路，一路由東安門攻入皇城，一路沿城牆來支援正陽門的人馬。

因此守衛正陽門的人馬同樣也抵擋不住，立刻棄守了正陽門，而黃得功也帶領著人馬，由通濟門逃出，沿著秦淮河向東敗逃。

攻破了正陽門之後，清軍也立刻向北直進，經由洪武門、承天門、午門一路殺進皇宮裡。這時的皇城根本就沒有任何的抵抗之力，因此兩路清軍都長驅直入，在紫禁城裡的太和殿前會師。而被商家軍擊敗的襲擊皇宮的清廷細作這時也又趕來與清軍匯合，並指引著清軍從西安門殺出，追擊商家軍。

出了皇城之後，清軍在西皇城根大街上橫展開，而就在這時，商家軍也從西安門外大街向清軍發動了進攻。

城市巷戰，也是前一段時間商家軍的重點訓練，進攻是呈立體式展開，從街道和屋頂同時進行，首先從街道上一陣排槍齊射，而在屋頂上，也連續扔下了十幾顆手榴彈。

這一陣突襲頓時給了清軍當頭一棍，帶領清軍主將叫努山，是前鋒營統領，在他看來，攻破了城牆，就等於是大局以定，佔領了南京，這個時候的商家軍，應該是倉惶出逃才對，完全沒有想到，他們會主動向自己發動進攻，一下孑就被打死了四五十人。

因此努山也勃然大怒，看來商家軍也太不知好歹了，立刻率領著人馬，沿著西安門外大街向商家軍進攻過來。而商家軍上下夾擊且戰且退，將清軍引得深入到西安門外大街內，一直退到西安門三條巷的入口附近，這時留在後面的商家軍士兵己在西安門三條巷入口處，布量好了防線。其實就是從居民家裡搬出來桌椅板凳等傢俱佈置成簡單的掩體，將整個街面橫向封鎖。

這段時間以後；在商家軍的動員下；南京中心城區的居民己有大半都撤離到西北地區；當然也有相當一部份居民不願離開自己的住宅；對於這些人也不好免強，只能聽之任之。不過撤走的畢竟是絕大多數，因此空房很多，傢俱不缺。而士兵們就躲在掩體後面，嚴陣以待。付責引誘清軍的商家軍士兵則拐入西安門三條巷，將整個大街都讓了出來。

而就在這時，在掩體的後面，還有兩側房宅的房頂上，樓上的窗戶裡，都伸出了不少的槍口，一齊向清軍開槍射擊，頓時在黑夜之中，閃爍出無數道耀眼的火舌，槍聲大作，火力兇猛，遠遠的超出了剛力引誘清軍的強度，而且連綿不斷。

清軍萬萬也沒有想到，商家軍還會在這裡埋伏下伏兵，被打了個措手不及，而且在大街上又沒有任何遮擋的東西，因此立刻死傷無數。衝在前排的清兵接二連三的倒下，一直時間慘叫，吶喊在西安門外大街上響成了一片。

這時努山也不禁大吃一驚，看這個樣子，商家軍到不像是倉促迎戰，或是負隅頑抗，而似乎是有準備，有組織的抵抗。自己實在是太大意了；因此努山也趕忙下令；命令全軍立刻撤出西安門外大街。

但在街道中作戰可不比野外，雖然西安門外大街在南京城裡也算是一條寬闊的街道，但這是相對其他街道而言，寬度最大的地方，也不過就是四五丈寬，並排最多也不能超過十五人，幾千清兵擠在這樣一條狹窄的長街上，拉出足有兩百餘步的距離，想馬上轉換方向，可不是一件容易的事情，前排計程車兵聽見了命令，轉身後退，但後排計程車兵卻沒有聽到，還在繼續前進，結果互相沖撞，反到擠成了一團。反而是進不能近，退不能退。

而且這時又不斷有手榴彈從屋頂上扔下來，落到清軍的人群中爆