在偽裝成東印度士兵的日軍悍不畏死的衝擊下，僅僅不到十七小時，節節敗退的荷軍就在包圍和切割中大批投降，連上次叛亂中的定海神針，至關重要的巴達維亞港海軍要塞都被叛軍佔領。荷蘭總督蘭博斯特男爵倉皇登上爪哇島號輕巡洋艦，開始還試圖繼續協調駐軍抵抗。僅過了一天，發現局勢已經無法控制的他不得不帶著爪哇號和蘇臘巴亞號海防艦試圖逃亡新加坡，但為時已晚，被忽然竄出來的日本海軍金剛號、比睿號和兩艘重巡洋艦擋在了海灣內。

氣勢洶洶的日本海軍直接打出明語，要求荷屬東印度政府交出殺害小林躋造大將的兇手，並要求兩艘荷蘭戰艦在事件未查清楚前，解除武器接受日本海軍的監管。堂堂東南亞小霸主，世界公認的中立國海軍也是有尊嚴的，即便只是暫時監管的訊號，荷蘭東印度艦隊司令，卡勒爾多爾曼少將依然決定維護尊嚴，予以拒接。

日本艦隊的抵達，讓局勢驟然複雜。但當時多爾曼少將還沒想太多，因為日本海軍在東帝汶演習的事情已經提前告知英荷政府，能迅速趕來並不奇怪。可他怎麼也沒想到，就在日本海軍抵達後不久，一直認為東印度叛軍不會使用要塞重炮。所以不會構成威脅的巴達維亞海軍要塞內的三門280毫米岸防炮、五門150毫米速射炮卻藉此機會突然向他開火。由於當時兩艘巡洋艦的精力都在日本艦隊上，