國成立後，徐向前被任命為總參謀長，因病由聶榮臻代理，軍委的日常工作仍由周恩來主持。到1951年10月，中共中央確定林彪主持軍委工作，他上班僅3個多月，就病倒了，周恩來不得不繼續把軍委工作管起來，一直兼管到1952年7月。從1947年3月算起，周恩來主持軍委日常工作這5年多時間，是軍事工作極為繁重又卓有成效的時期。但在新中國建立後，周恩來身為政務院總理兼外交部長，國家的經濟建設和國際外交事務，已經夠他操勞的了，把軍委日常工作交給另一人來專管，確已成急需。

周恩來在政治局會議上提名彭德懷接替他主持軍委日常工作的建議被批准後，即於7月9日向軍委主席毛澤東和其他幾位副主席朱德、劉少奇、彭德懷、林彪寫了一個報告，作為正式向彭德懷交卸工作。

周恩來在報告中建議“彭德懷同志自即日起過問軍委日常工作，直接向主席和中央負責。以後一切經過我處轉呈主席或主席交我閱辦的軍委文電，均改送彭副主席處理。”

7月19日，中央人民革命軍事委員會辦公廳，根據中共中央的決定發出通知：“彭副主席已正式在軍委辦公，從即日起，凡有下列問題之檔案、電報均抄送彭副主席”。接著在後邊具體開列了18類文電的細目。

從此，彭德懷又一次進了統帥部，肩負起新的軍事使命。這是他軍事生涯中的新時期，也是最後一個時期。

彭德懷到軍委一上任，工作就高度緊張。每天推開飯碗，走進辦公室，一坐就是半天，晚上還繼續批閱那些積案盈尺的文電，有時在夜間還去列席中央書記處的碰頭會，往往一開一個通宵。好在他這個人在戰鬥環境裡緊張慣了，現在這樣生活也不覺得累。每到體息日，文電少了，他倒感覺不習慣了。

彭德懷以前在延安兼任總參謀長的時候，也是既處理軍委日常工作，又參加中央的各種會議。當時的軍委機關業務簡單，可說是一個戰略統帥部。由於各個戰區的交通被敵軍隔絕，中央軍委對各大戰區只能用無線電報下達戰略意圖和重大戰役的方針。在延安時，軍委作戰部長李濤曾詼諧地說，我們的統帥部是世界第一，任何國家的統帥部都要給下屬部隊發軍餉、發槍炮、籌調物資、補充兵員，可我們的統帥部就只發一個東西——　電報。現在彭德懷回到闊別5年的軍委機關，情況大為改觀。軍委機關在周恩來的主持下，經過3年多的建設，已經成為一個具有全面職能的國家軍事統帥部。對於全軍的指揮、管理、訓練、供應，特別是對於邊防、海防部隊事務的管理，大至國際交往，小至戰士飲食、著裝問題，都已集中到最高統帥部來統一決策。為了在周恩來辛勤建設的基礎上進一步健全軍委機關，使之更好地發揮全軍的首腦作用，彭德懷就職後針對當時情況陸續採取了下述措施：

一、建立例會制度。為“便於及時解決問題、便於互通聲氣、便於互相統一協調”，彭德懷同朱德、聶榮臻等醞釀磋商後，在1952年10月15日舉行會議。到會的有朱德，聶榮臻、粟裕、黃克誠、張宗遜、肖華、賴傳珠、徐立清、楊立三、肖克、肖向榮。彭德懷在會上說：“我來軍委已兩個多月，許多情況還沒有摸清楚，只是感覺工作異常複雜。目前我軍正處在戰略轉換時期，我們大家對現代化軍事工作又都缺乏知識，要想把工作做好，還是多采取集體研究辦法較為有利。”他提議把原來不定期的辦公會議改為軍委例會。每週召開一次，會議內容主要是傳達黨中央、毛主席的指示和重大方針政策，研究貫徹執行的措施；討論軍隊工作中某些方針政策和亟待處理的重大問題，以及各總部需要解決的全軍性問題；聽取各種重要情況的彙報。與會者一致贊成彭德懷的建議。這一次會議，即作為第一次軍委例會，會上傳達了中共中央決定黃克誠、張宗遜任副總長，黃克誠兼總後勤部長，楊立三改任第一副部長等事項。隨後，各總部也仿效軍委，建立或健全了各部的例會辦公制度。

二、健全機構。1952年8月4日，毛澤東批示贊同劉少奇的建議：國家進入建設時期，由於工作繁重，需調各中央局書記來加強中央領導，同時增設某些中央機構。

彭德懷根據毛澤東批示精神，考慮國防建設和業務上的急需，在人事和機構上也採取了相應的措施。

從1952年9月起，軍委先後從各大軍區調進一些高階幹部，加強機關領導力量。到1953年3月，彭德懷在軍委例會上說：“工作忙亂的原因，是軍委機關不健全，這是事實，由誰來加強呢？再從各大軍區調人來，是沒有希望了，