“佔領南京，迫使中國屈服”，這便是松井石根進攻南京的目的。怎樣才能“迫使中國屈服”呢？那就是使用恐怖手段，摧毀中國人民的抵抗意志。《遠東國際軍事法庭判決書》中指出：“日軍首腦者認為這場戰爭是‘膺懲戰’，因為中國人民不承認日本民族的優越性和領導地位，拒絕與日本合作，所以為懲罰中國人民而作戰。由於這個戰爭所引起的一切結果，都是非常殘酷和野蠻的，日軍首腦者的意圖是要摧毀中國人民的抵抗意志。”

由此可見，攻佔南京，採取恐怖手段，迫使中國投降，這就是日本當局的既定方針。當時日軍參謀本部次長多田駿就“悉知針對中國首都南京而策劃的恐怖活動”。

松井石根完全瞭解日本最高當局的意圖，他當時在日記中寫道：“餘須謹奉大命，全察聖旨所存，惟仁惟威，舉所謂破邪顯正之寶劍誅殺馬謖。”1937年10月8日，松井石根聲言：“降魔的利劍現在已經出鞘，正將發揮它的神威。”由松井石根1937年12月7日“親自起草”的“攻克南京城綱要”則進一步證明，他便是南京大屠殺的組織者和指揮者。

他在該《綱要》中說：“一、若南京守城司令或市政當局留守城中，則勸其開城以和平佔領。爾後，各師分別由經過挑選的一個步兵大隊（9日改為3個大隊）為基幹，率先進城，分割槽對城內進行掃蕩。

“二、若敵之殘兵仍憑藉城牆負隅抵抗，則以抵達戰場之所有炮兵實施炮擊，以奪占城牆，爾後，各師團以一個步兵聯隊為基幹進行掃蕩。”

什麼是“掃蕩”呢？經過八年抗日、倍受日本法西斯之苦的中國人民，深知日軍“掃蕩”的含意。抗日戰爭中，日軍把對中國人民施行極殘酷野蠻的燒光、殺光、搶光的“三光”政策稱之為“掃蕩”。日本出版的《廣辭苑》解釋得很清楚：“掃蕩——剷除敵人之意。”

中國軍隊投降被掃蕩，不投降更要被掃蕩。在日軍的眼裡，擺在中國人面前的只有死路一條。

於1937年10月29日正式編成的華中方面軍由松井石根任司令官上轄上海派遣軍和第10軍。上海派遣軍司令官是朝香鳩彥，第10軍司令官為柳川平助。

除第101師團守上海外，華中方面軍的部隊幾乎全部參加了進攻南京的戰鬥。11月25日，日軍佔領無錫後，即策定兵分3路進犯南京。

12月1日下達攻擊南京的命令。

12月5日，朝香鳩彥到達前線，聽取了第16師團長中島的彙報。中島對他的上司講：“日軍已攻破了南京周圍所有環形防線，約30萬人左右的中國軍隊大概就要全部被包圍，逃不出南京城了。”朝香鳩彥聽後，回到司令部“發出一連串由他個蓋章簽署的命令，上面有‘機密，閱後銷燬’的字樣。命令十分簡單：‘殺掉全部俘虜’。”“殺掉全部俘虜”正是日本當局用恐怖手段迫使中國屈服的具體體現。

從現在發現的歷史資料看，殺掉全部俘虜的命令是執行得十分徹底的。師團一級部隊中，有第16師團師團長中島的日記；旅團一級部隊中，有第13師團第103旅團旅團長山田的作戰日誌；聯隊以下部隊中，有當時的戰鬥詳報。這些歷史資料均無可置疑地證明：軍以上司令部確有殺掉全部俘虜的命令，而且各部隊都傳達貫徹了，將俘虜一批又一批地集體殺掉。

南京城12月13日失陷。日軍進城後，即按著松井的作戰綱要，開始掃蕩。下邊是中島12月13日的日記摘抄：“掃蕩俘虜”

……

“近幾日，潰敗的敵人，大部分逃進我第16師團作戰地域內的森林和村莊，其中有從鎮江兩要塞逃過去的人。俘虜到處可見，達到難以收拾的程度。”

“因採取大體不留俘虜之方針，故決定全部處理之。然對1000、5000、1萬之眾，解除全部武器都很困難。唯一辦法，是等他們完全喪失鬥志，自己排隊來降，較為穩妥，這幫人一旦鬧事，將難以收拾。”

“故而用卡車增派部隊，對其進行監視和引導。……”

“據知，光是佐佐木部隊就處理掉約15，000人，守備太平門的一中隊長處理掉1，300人。現集中在仙鶴門附近的約有7，000～8，000人，而且俘虜還在不斷來降。”

“處理掉這7，000～8，000人。需要一個相當大的壕溝，很不容易找到。所以預定把他們先分成100人、200人一群，然後誘至適當地點處理之。”

師團一級指揮官都說是上級的方針，並帶頭執行，