合了吳佩孚的願望，為他奪取四川創造了有利的條件。他積極支援楊森回川，同時還佈置了兩路攻川的計劃，一路派北軍第七師師長吳新田由陝南進兵川北，一路派北軍第八師師長王汝勤為援川軍總司令，第十八師師長盧金山為援川軍副司令，由鄂西進兵川東。2月15日楊森部由利川偷渡戴溪襲取萬縣，這支部隊和集中在忠州的第一軍發生了接觸，19日劉存厚部佔領綿州，21日盧金山部佔領巫山。

吳佩孚對北京的政治不太有興趣，可是他認為武力統一是重要的，如果各省的武力都削平，中央政權就不在話下了。他的武力統一野心，幾乎超過了他的前輩袁世凱和段祺瑞，所以他雖然在北京政治圈中受到了打擊，可是在洛陽卻埋首他自認是重要的工作——徵閩、攻粵、入川、收湘同時並舉。

吳佩孚在中央政權上和曹錕是有極大距離的，但在武力統一方面則和曹的意見又是一致了。

川軍第三師師長鄧錫侯部西進後，和陳國棟部在永川會師，進攻隆昌，與第三軍第七混成旅旅長藍世鈺部激戰，劉成勳即下令罷免鄧錫侯的第三師師長，並責成賴心輝等回師加以討伐。鄧、陳兩部曾以破竹之勢佔領江津、永川、榮昌、隆昌、銅梁、大足、合川、璧山、內江、資州、簡陽。成都大為震動，劉成勳被迫派員向鄧講和。2月22日賴心輝部回師攻克簡陽，24日進兵解成都之圍，鄧、陳兩部退往新都、廣漢。於是形勢又為之一變。27日省軍繼續向北進攻，鄧、陳兩部退往田頌堯、劉斌的防區德陽、綿陽一帶。這兩個同盟者開始也是偽裝調解，阻止省軍前進，隨後即加入了戰鬥，公推鄧錫侯為聯軍總指揮，與省軍在川北展開了拉鋸戰，劉存厚、唐廷牧也都加入了聯軍。

3月下旬，聯軍反攻，佔領綿陽、羅江、德陽。劉成勳願意讓出成都，4月4日聯軍另一同盟者劉文輝也是偽裝中立，以成都衛戌司令名義先行帶兵進省，5日聯軍佔領成都。

川東方面，3月8日楊森部佔領萬縣，與第一軍相持於梁山、忠州一帶。由於第一軍發生內訌，引起重慶大火，聲勢大為削弱。3月下旬楊森部佔領梁山、長壽，4月6日佔領重慶，第一軍向川西退卻。

這次四川內戰，開始的時候是以鄧錫侯為首的八人同盟，利用第三軍發生內部糾紛的機會，以調解為名進攻成都。戰事發動後，川北方而劉存厚乘虛而入，川東方面楊森聯合北軍大舉反攻，因此戰爭的規模愈大，而形勢也愈為複雜。劉成勳下臺後，劉存厚由廣元到了綿陽，自稱四川督軍。楊森部一路尾追第一軍先後佔領合川、銅梁、永川、瀘州。楊森的目的也是四川督軍。

然而想做督軍寶座的，不只劉成勳、劉存厚和楊森，鄧錫侯又何嘗不想，其他的軍人也一樣想。鄧錫侯看到形勢對自己不利，大為失望，因此與退往遂寧、潼南、安嶽、簡陽的第一軍相約，互不侵犯，自己立於坐觀成敗，黃鶴樓上看翻船的地位。

這時，第一軍公推熊克武為靖國自治軍總司令，向楊森提出條件，只要北軍退出四川，四川內部問題可以和平解決。這個條件當然不是楊森所肯答應的。在這時期，唐繼堯已在貴州得勢，唐以大西南主義為旨志，對四川也不放鬆，所以唐和熊克武又聯合起來，協助第一軍抵抗楊森，並大舉反攻成都。

12年5月14日，第一軍攻佔成都，20日繼續佔領綿陽，劉存厚與鄧、田各軍向廣元退卻。從此川軍一、三兩軍聯合起來共同抵抗楊森，四川的內戰便無法結束了。

川湘兩省多事之秋，雲南已進入穩定局面。唐繼堯改任各軍軍長為鎮守使，廢除軍師制，以團為單位直屬總部，共有兵力20團。7月27日唐又取消靖國軍總司令名義，以雲南省長主持一省軍民兩政。貴州也隨雲南之後，袁祖銘取消了定黔軍總指揮名義，改稱貴州省長。

廣西局勢比較混亂。從貴州撤出的盧燾，在慶遠和谷正倫會師後，自稱黔桂討賊聯軍總司令。廣西境內的滇軍共有兩起，一起是由雲南繞道責州進入廣西慶遠，長安的顧品珍殘部；一起是由廣東北江繞道湖南進入桂林的中央直轄滇軍，由朱培德統率。除了黔軍、滇軍而外，桂軍也有三起，一起是以林俊廷為首的“廣西自治軍”，其根據地在南寧，經常在桂北、柳州一帶與滇、黔軍發生拉鋸戰；一起是劉震寰所統率的中央直轄桂軍，駐防梧州；一起是由江西繞道湖南，驅逐滇軍，佔領桂林的沈鴻英部。

在桂的滇軍兩支有意聯合起來回師雲南驅逐唐繼堯，但是因為桂北混亂不停，而他們內部意見也不一致，因此這個計劃無法實現。