軍政府只好發表公報：4月8日軍政府政務會議解除伍的外交、財政兩部長兼職，仍留總裁本職。同時譴責伍廷芳不告而行，既不接受勸告回省供職，又不辦理移交。尤有甚者，伍攜走了關稅餘款180萬元，致使庫空如洗，軍政各費均無從應付。另一公報則宣佈：政務會議議決免除伍廷芳外交、財政部長兼職，特任溫宗堯為外交部長，陳錦濤為財政部長。陳錦濤未到任前，由次長文群代理部務。

伍廷芳這次攜官印出走是第二次了，其第一次是在民國6年7月張勳復辟時，他攜帶外交總長的印信由北京到上海，仍然自居為合法的外交總長；這次也是一樣，4月10日他在香港發出通電，宣佈繼續執行外交、財政兩總長的職權。軍政府除通電否認其職權外，並電請北京政府轉告外交團，以後關稅餘款請直接解交軍政府領收。

4月中旬，軍政府在香港延聘律師控告伍廷芳捲款潛逃，伍也聘律師對抗。香港中外報紙大登特登。這一來大家都知道南方的軍政府不只是四分五裂，根本是一息奄奄了。

這真是一件極可惜的事，對於南方軍政府，因為這時正是北方直皖兩系瀕臨破裂，戰爭一觸即發，如果南方真的護法，團結一致，則北方的變局將使南方漁翁得利。不料南方也是一樣，一方面滇粵軍發生衝突，另方面軍政府則四分五裂。相對的，北方也是自顧不暇，不能抓住這個機會來統一南方，如果這時北方直皖兩系不是到了最後火併的時候，則用兵南方不難底定全域性的。

對南方軍政府最嚴重的，是國會議員也成批地不辭而別，甚至還帶走了檔案。4月1日，非常國會眾議院副議長褚輔成去了香港，行前曾召國民黨籍議員到香港集中，兩院秘書廳在國民黨議長指揮下，把兩院檔案卷宗全部打包疊好，分批運赴香港，這一來真是徹底地搬了家。使得廣州的非常國會變成了真空狀態。

4月3日，岑春煊風聞國會已搬空了，乃下令派憲兵前往兩院搜查，果然發現國會重要檔案全部已經運走，大為光火，因之派警察嚴密監視兩院。

4月6日，留穗未走的國會議員召開聯席會議，非國民黨議員公推孫光庭為參議院主席，陳鴻鈞為眾議院主席，代行議長職權。同時通電宣佈眾議院議長吳景濂、副議長褚輔成、參議院議長林森等“帶印潛逃，嗣後如假議長名義在外發表文電，一概認為無效。”

國民黨籍議員在香港舉行座談會，會中討論主題是把國會搬到什麼地方？有的主張搬到雲南，一部分則主張搬去上海。主張遷上海的人認為上海是皖系勢力範圍，而皖系對國民黨日益表示好感，自不會干涉國會在上海集會。上海是全國重心，一舉一動容易受人重視，耳目靈活，宣傳的效果也很大。可是反對派則認為國會之所以播遷，就是因為受皖系軍閥的迫害，當年就是皖系軍閥強迫北京政府下令解散的，現在的安福國會也是皖系一手孕育出來的，因此國會再投奔皖系勢力範圍之內，未免太沒有骨氣了。所以這派人主張國會遷昆明。可是反對遷昆明的人理由也很對，他們認為雲南僻處一隅，交通不便，國會遷滇無法號召，在政治上起不了廣泛的影響。同時對唐繼堯的態度也值得考慮，認為唐繼堯在雲南一向是關了門做皇帝，他是不是願意歡迎這麼多國會議員到昆明，也值得研究。

最後，主張遷滬者佔大多數，於是伍廷芳乃把他所攜出的公款發給每位議員赴滬旅費200元，另匯100萬元存上海滙豐銀行為國會遷滬後的制憲經費。在上海方面，孫中山和唐紹儀也擔承另籌100萬元支援國會。

4月8日，吳景濂先動身去上海，籌備國會在上海復會，國會存款50餘萬元由他帶走。4月上旬，國會議員陸續抵達上海的已有200人左右，計劃先召開兩院聯席會。

於是，上海和廣州的兩派議員，就遙遙相罵，互罵對方“通敵違法”。這時在廣州的國會議員仍有300餘人，政學系議員建議：由於人數不足，可以改開非常會議，推舉岑春煊為大元帥以代替日益沒落的軍政府。

在北京看起來，廣州的舊國會分家，是個好訊息，總統徐世昌和總理靳雲鵬認為這是南北直接交涉的大好時機，因此主張撇開上海的和會，直接向廣州軍政府談和。根據李純的五款方案，再加入：“善後大借款如果成立，應依照關稅餘款分配西南百分之十三的舊例辦理。”一條作為談判基礎。

可是段祺瑞卻反對徐、靳的主張，段以前一直是極端地反對上海和會的，現在忽然搖身一變，極力主張仍應在上海談和，主張一切問題應由上海和會解決。而皖系健將，上海的“