3日小徐電勸李厚基辭職離閩，限於5日以前答覆。同日王永泉、許崇智兩部決定聯合進攻福州。許部擔任左路由建甌進攻古田，王部擔任右路由樟湖坂進攻水口。

福州大為震動。李厚基勒令商會籌餉50萬元，福州發生擠兌風潮，官吏眷屬紛紛避難，離開福州。6日許崇智部佔領古田，會合王永泉旅進攻水口，並派黃大偉，李福林兩部由古田經大湖向福州推進。孫本戎旅由大湖向白沙推進，包抄水口後路，並截斷水口、福州間的交通線。9日李派他的表弟警務處長史廷颺率領留省部隊開赴水口增援。12日許、王兩部佔領水口，閩方唐國謨旅向福安、閩清方面退卻。李福林、黃大偉兩部遂乘虛由甘源裡進至洪山橋，前鋒由王懋功率領，輕騎進入福州，李厚基部來不及抵擋，李厚基首先跑到臺灣銀行，隨後又逃上海軍軍艦。海軍在薩鎮冰指揮下，勒令李部繳械，並將李厚基軟禁在馬尾海容軍艦上，逼迫李交出他在福州搜刮到的財富。

13日閩方史廷颺部從白沙敗退下來，曾向福州城發動反攻，李、黃兩部因人數不多，倉皇退走，幸好孫本戎部由白沙銜尾追擊史廷颺，李、黃兩部回師應戰，史廷颺腹背遇敵，所部3000餘人遂繳械投降。

李厚基垮臺後，福州各團體遂提出“閩人治閩”的口號，推舉薩鎮冰為臨時省長，並通電拒絕“客軍人閩”，阻止南北兩軍在福建境內作戰。

薩鎮冰和海軍本是站在北京政府一方，可是這次驅李戰爭中卻幫助了南方的北伐軍，不過他卻不肯脫離北方，而直系也想利用海軍來驅逐北伐軍，授意北京政府於10月15日任命薩鎮冰為福建省長。於是這個福建省長既是福州各團體所推選，又是北京政府所任命。

薩鎮冰在給北京電報時，把扣留李厚基一事說成是“保護”，而吳佩孚則將計就計地請薩派遣軍艦把李厚基護送到廈門登陸。

福州的易幟，是孫、段、張三角同盟在直系全盛時期打下的一個缺口，北伐軍也算找到了一個立足點，因此張作霖派奉天兵工廠督辦韓麟春到上海，勸孫中山出兵江西、湖南，並約盧永祥進攻江蘇，而奉軍即大舉入關反攻。國民黨人也紛紛電請孫中山到福州組織政府。由於徐樹錚已經有了一個組織，孫不願插足其間。孫的主要目的是要討伐陳炯明，光復廣東，清除後患，才能出兵北伐。盧永祥則頗不以小徐的政府為然，所以也不肯盲目相從。

10月17日，徐樹錚、許崇智、王永泉進入福州，徐樹錚便以“制置府”總領的名義，任命王永泉為“福建總撫”，統轄軍民兩政；並任命王永泉、許崇智、臧致平、李福林、黃大偉為建國軍第一至第五軍軍長。在此以前，孫中山曾任命許崇智為東路討賊軍總司令，下設三軍，由黃、許、李三人分任軍長，所以他們都不肯接受小徐的命令，他們便從10月28日起，改稱“討賊軍”。

薩鎮冰已於10月15日就任臨時省長，照理說，所謂的福建總撫，應該是具有督軍兼省長的性質，但是王永泉、許崇智等並不否認薩的省長地位，他們都參加薩歡迎他們的宴會，因此這個時期的福建便成為孫、皖和北京政府三種勢力和平共處的地區。

10月24日，北京政府下令討伐徐樹錚，任命李厚基、薩鎮冰為討逆軍總司令和副總司令，高全忠為閩軍總指揮。這個命令是在吳佩孚的一再催促下才發表的。本來應該把北伐軍一併列入討伐之列，只因王寵惠內閣不願與國民黨為敵，所以把討伐的物件只集中在徐樹錚一人身上。

妙的是，北京所任命的討逆軍副總司令，這時卻正在福州和被討伐的人和平共處，而總司令卻是一個失去自由的俘虜。

更荒唐的是，北京參陸辦公處已於10月18日電派常德盛為援閩軍總司令，因此現在北京對福建就派出了兩個總司令，一個是援閩總司令，一個是討賊總司令，兩者各不相屬。李厚基雖然被俘，但他的直屬部隊王獻臣旅在上杭、張清汝旅在泉州、高全忠師在廈門，所以吳佩孚依然重視他。此外吳還調動各路人馬，包括駐武穴的魯軍張克瑤旅、駐崇陽，通城的鄂軍第二混成旅寇英傑、北洋第二混成旅胡念先兩部和杜錫珪所屬海軍艦隊以及在江西的周蔭人、常德盛兩師。常師已於10月18日由南城開抵杉關。粵軍尹驥旅開抵平和後擬向龍巖推進，尹於10月16日曾到上杭與王獻臣會商作戰計劃，此時陳炯明希望取得指揮閩、粵、贛各軍的軍事全權，以便統一佈置，吳佩孚不願把北軍的指揮權交給陳，因此陳的態度便趨於消極，不肯單獨進攻。

徐樹錚奇襲福建，震動全國，可是不