又被稱為“室町幕府”。

雖然同為武家政權，但室町幕府在政權組織形式上與鎌倉幕府有很大的不同。在鎌倉幕府時期，“守護”在地方上只有軍事權力，對於地方經濟的干預程度並不大。但在室町幕府時代，守護的權力開始坐大，對土地稅賦進行插手甚至全面掌控地方軍、政、財大權，演變成“守護大名”。室町幕府的歷代將軍實際上成為鬆散聯邦的軍政首腦，將軍的權力直接覆蓋範圍只限於直屬領地。這種體制，在日本歷史上被稱作“守護大名領國制”。

“守護大名領國制”的出現，使得中世紀日本的政權模式與中國大陸政治體制的差別越來越大。而與中世紀西歐的政治經濟體制，即“軍事封建制”的相似性進一步增多。雖然日本的封建制與西方的軍事封臣制在連線上下的紐帶上有重大區別——西方是契約關係，日本多以個人忠誠為紐帶——但都缺乏一個強大統一的中央政府，這一點與傳統中國的官僚帝國體制有很大的不同。

對於室町幕府的將軍們來說，沒有建立起一個強大的中央政府，並不是根源於什麼既有的政治理念，更不是他們不想，而是做不到。

室町幕府在決定重大事件的時候，往往透過召開“重臣會議”，以徵求強力的守護大名們的意見，甚至將軍職務的繼承也要獲得守護大名們的商議透過。雖然將軍們也進行過“削藩”戰爭，並且一度有所進展，但是最終不僅未獲成功，將軍反而引來殺身之禍。

公元1467年，日本爆發“應仁之亂”，守護大名們相互爭鬥殘殺，戰爭持續整整十年之久，除九州等部分地區外，日本大半國土被席捲到戰爭的烽火中去。

戰後，繁華京都化為一片焦土，將軍宅邸“花御所”也成為廢墟。不僅幕府將軍權威掃地，退居為政令只在京都一地有效的小政權，而且將軍分封在各地的一大批守護大名的威信也急劇下滑，原本輔佐守護的“守護代”和各地