進駐遼東以後，掠民為奴，加深了遼民自勺苦難。遼東軍民一向勇於鬥爭，對韃子當然是更加痛恨，因此儘管後金國汗、貝勒實行抗拒者殺、家口為奴的高壓政策，濫施屠掠，血腥鎮壓，遼東軍民仍然挺身而起，英勇反抗。就在遼陽失陷後金兵據城的惡劣處境下，城民也未俯首帖耳甘做順民，而是針對後金貪婪好掠的傳統惡習，“放火焚家，鍋、甕、窗紙，盡皆毀壞”，以示抗議。

遼東軍民和滿族阿哈採取的鬥爭形式多種多樣，其中以逃亡、起義為主。韃子入遼初期，雖然各城明朝官將多已降順，但廣大遼民卻高舉義旗，英勇反抗。金國汗遣降將陳堯道為寬奠參將，同守備郭彥光、呂端招降四衛，行至鎮江，古河屯民陳大等人，“不受偽命”，刺殺陳堯道三賊，“聚集三千人，歃血共盟”。

馬虎山民任九，鐋頭山民全國用，馬頭山崔天、泰卓山、王恩紹等，“及東山礦徒”，“不肯降奴，備聚眾以待大兵（明兵）”。蓋州生員李遇春及其弟李光春等，“聚礦徒二千餘人以守，奴使六人降之，遇春殺五人，其一人逸”。《明熹宗實錄》卷十一，清朝官修的《明史》卷二百五十九也載稱：“時金、復諸衛軍民及東山礦徒，多結砦自固，以待官軍。“此後，鎮江兵民起義，擒捉駐城遊擊佟養真父子，金兵往剿，“屯民結聚鐵山拒之，奴仰攻，被傷三四千人”。廣寧附近山區居民三萬餘人堅守山寨，拒不降金，復州民集議反金，約請明兵來援。各地武裝鬥爭風起雲湧，蓬勃開展。

逃亡，是遼東漢滿人民採取的又一主要鬥爭方式，被掠為俘淪為阿哈的漢人，痛恨金兵的屠殺擄掠，紛紛大批逃走。他們有的逃入朝鮮，待機返明。天命六年五月，“逃入朝鮮者，亦不下二萬”。七月，鎮江民又有三萬餘人渡江，逃入朝鮮。努爾哈赤為此於七月致書威脅朝鮮國王說，“據聞我所獲得之遼東之民，多有逃往爾國者”《滿文老檔？太祖》卷二十四。，務須送還，否則將結仇怨，於朝不利。

逃往沿海島嶼及渡海入山東的，也很多。

天命六年五月，僅山東登州、萊州，就接渡遼左金、復、海、蓋四衛官民男婦三萬四千餘名。毛文龍據皮島，遼”民多逃島中“，眾達十餘萬。其他長鹿、石門等島，也有大量逃民。

進入關內的兵民更多，天命七年（1622），已多達兩百八十餘萬人。此後，逃者仍然絡繹不絕。比如，以天命八年為例，這一年裡，沙安峪等四村民眾三千人，嚮明境逃去，清河、岫巖和河，都發生了大批逃亡的事件，復州城民一萬八千餘丁，欲盡數逃入明境。

遼東軍民還採取了投放毒藥等方式進行鬥爭。不少漢民投放毒藥於井水，以藥飼養牲畜，放毒於食品中，以圖毒死汗、貝勒和八旗官兵。後金剛打下遼陽不久，五月二十六日，便“發覺明人於汗都之備井，投放毒藥”。二十八日，努爾哈赤到海州巡察，坐下吃飯，又發現八名漢人向井中投毒。

努爾哈赤不得不多次下達汗諭，告誡八旗官兵謹慎小心，明確指出，有人投毒於水，在鹽中放藥，以藥養豬出售，諭令官兵不要在買豬當日宰殺，須過幾天藥毒散盡以後，才能宰食。用水用鹽，都要格外小心，仔細檢視，對於買來的蔥、瓜、茄子，以及雞、鴨、鵝等，也要謹慎察看，防止中毒。

他還下達嚴諭，命令店鋪主人，必須將店主姓名刻於石木上，立在店前，違令不辦者，治以重罪。又禁革沿街流動售賣的小攤販，因為這些人常用毒藥謀害八旗官兵。堂堂一國之主，競要下達這樣的諭旨，歷史上是很少有的，可見漢民以投毒來進行鬥爭的行為，是十分頻繁的，已經對後金統治者造威相當嚴重的威脅。

漢民還使用了其他方式，反抗後金統治，有的私藏兵器，違令不交，為起義作準備：有的藐視汗諭，收留“逃人”，清點人丁時又隱瞞不報，對抗搜捕逃人的嚴令：有的打死為非作歹的八旗官將，懲治欺壓人民的暴徒；有的還張貼書文，斥責努爾哈赤是“說堯舜之話，而心是桀紂之心”。

《滿文老檔》載錄了兩條遼東人民反抗鬥爭的總結性材料，一條是著重講逃亡的問題。

天命九年（1624）正月二十一日，努爾哈赤下令大殺“無谷之人”時，曾怒氣衝衝地說：”應以無谷之人為仇敵”，因為，“盜牛馬而殺者，火焚積穀及村中房宅者，皆系不耕田、無谷，不定居於家，欲由此地逃往彼處（明國）之光棍也。”《滿文老檔》編寫者解釋說：“得遼東後，漢人不定居，常逃走，從事奸細，而不勤力耕田，故發怒而言也。“這是得遼東以後第四個年頭時的局面，不管汗、