一聲令下，情報組和技術組各自展開了進攻。

分佈在11艘情報組的人員，同時向著面前的電腦鍵入了一條條的操作命令，一舉撕去了開始時各艦艇電腦指揮系統預設從屬於空母終端系統程式的偽裝，11艘艦艇的電腦系統在幾次複雜的命令指示後，互相連成了一線，成為了一臺統一控制下的超級終端，並反客為主，搖身一變，開始改造起空母的各項系統程式，這個突然的打擊讓空母的系統完全措手不及，在幾乎已經被覆蓋控制了接近30％，空母系統才開始了反擊，試圖驅逐這個變異程式，殺滅一些對防禦起到破壞性作用的病毒，在核心程式前重新設定防火牆。

這是場無聲無息，甚至沒有形態的隱形戰爭，雙方比拼的不是武力，而是對電腦的精通程度。

而為了爭取時間，對情報組進行支援，技術組人員也紛紛拿出了一個個小型的黑色盒子，上面閃爍著四五個明暗不一的光點以及一些按鈕，中間的液晶螢幕上，跳動顯示著一些數字，技術組人員在調校了手中的儀器後，按了下去，之前埋入的‘種子’終於是時候引爆了。

在最初三天的物資回收日裡，火焰龍騎士也並不是什麼都沒做的，霍夫曼命人將能夠產生神經毒氣和催淚瓦斯的氣體以及化學藥物，分別裝入了之間有著分隔層的金屬盒子或罐子裡，並在其間填入了可遙控的小型火藥，然後再將其偽裝成一般的金屬垃圾，混入了那最初的20艘輸送艦裡，只要沒有小型火藥的引爆，炸開之間的壁壘，這些化學藥物就不會互相混合，產生任何反應。

而現在，這個效果如何，霍夫曼等人暫時看不見，不過，當看見因為系統戰爭而終於發現他們這十一艘艦艇是敵非友的空母指揮部隊，派出的攻擊攔截部隊，僅僅只有從10艘艦艇裡蜂擁而出，並向著他們所在艦艇位置撲來後，此條計策的成功性也得到了證實。

特攻組在這次任務中，幾乎沒有表現的機會，唯一能做的就是在情報組沒有完全控制空母之前，對試圖闖入的剩餘10艘輸送艦裡的這10000人的海姆達爾駐軍，進行鎮壓和打擊，而幾乎在敵軍行動的同時，搶在對方使用威力巨大的粒子、中子光束銃破壞艦艇外殼之前，特攻組全體人員，穿著重型防護服，開啟了艙門，衝了出去。

被金和西索狠狠操練過的特攻組，此時面對這些本職不是戰鬥計程車兵，簡直如同虎入羊群，長槍、戰斧掃過，就能帶倒一大片，更何況，霍夫曼還調動了一般行動組輔助增援，這讓本來就沒有在這個第二階段作戰計劃被安排任何任務，只是被要求候機待命的庫洛洛幾人更感覺無聊，在觀望了下情勢，發覺靠金和西索，完全綽綽有餘後，庫洛洛、伊路米、飛坦都沒有出去參戰，只是漫不經心地撇著下方操作平臺前的情報組人員，緊鑼密鼓地破譯、截獲、解析系統程式，而俠客倒是看的津津有味，雖然因為一些知識上的侷限，有些地方，他並不是很明白就是了。

電腦系統裡，雙方你攔我截，都在搶時間，搶速度，盡力想要壓倒對方，可是，儘管空母系統那邊盡力想要挽回，驅逐對方，但都已經被摸進了家門，想要將敵方再度驅趕出去又談何容易，情報組毫不客氣地一一蠶食鯨吞著對方的程式，將他們化為了自己控制下的程式。

四十分鐘後，情報組終於完全控制了空母的終端系統，並故技重施，開啟了record干擾波段儀器，頓時，還在艦艇外，已經陷入了艱苦抵抗狀態，並隨時準備撤退的剩餘海姆達爾駐軍，也徹底失去了戰鬥力。

等待了一會，確認空母所有的防禦反擊系統都已經關閉後，霍夫曼在指示下去，要求各部隊立刻開始傷員救助工作，以及解除海姆達爾駐軍的武裝力量，查實敵方各輸送艦情況後，當先一馬，帶著各組高階幕僚和將領，向著空母深處的中央指揮室進發。

至此，第二戰也順利落下了帷幕，在命情報組和彩虹橋聯絡上之後，霍夫曼隨後得知，前往彩虹橋那邊的20艘戰艦，一艘接一艘地，每艘都在不明就裡的情況下，下降在了依舊還開著record強幹擾波段的中央通道中，毫無還手之力地被逮個正著，幾乎不費吹灰之力地，火焰龍騎士就控制了那20艘戰艦。

上下通路都已經開啟，最後的目標就是遠在23光年外的海姆達爾要塞了，比因達和霍夫曼上下佈置了一番，兩天後，海姆達爾要塞駐軍收到了一封來自肯尼迪中尉的加急情報，上面稱發現了本已經被判處死刑的比因達一級上將出現在了尼福爾海姆，並在此次補給交換期，帶領著糾集起來的上萬反叛軍，突破了彩虹橋，並奪取了包括空母在內的