燕王即位，方驚稱道士為神，這也不必細表。單說燕王即位，下令清宮三日，諸宮人女官太監，多半殺死，惟前曾得罪建文，方得寬宥。燕王召宮人內侍，詢以建文所在。宮人等無從證實，把馬皇后殘骸，稱為帝屍。乃命就灰燼中撥出屍首，滿身焦爛，四肢殘缺，辨不出是男是女，只覺得慘不忍睹。燕王也不禁垂淚道：“痴兒痴兒？何為至此？”試問是誰致之？是時侍讀王景在側，由燕王問他葬禮。王景謂當以天子禮斂葬。燕王點首，便令將馬後殘屍，斂葬如儀。貓拖老鼠假慈悲。忽有一人滿身縞素，趨至闕下，伏地大哭，聲震天地。燕王聞著，即喝令左右速拿，當由鎮撫伍雲，拿住入獻。燕王凝視道：“你就是方孝孺麼？朕正要拿你，你卻自來送死。”孝孺抗聲道：“名教掃地，不死何為？”燕王道：“你願就死，朕偏待你不死，何如？”言訖，命左右帶孝孺下獄。原來燕王大舉南犯，留僧道衍輔佐世子，居守北平。道衍送燕王出郊，跪啟道：“臣有密事相托。”燕王問是何事？道衍道：“南朝有文學博士方孝孺，素有學行，倘殿下武成入京，萬不可殺此人。若殺了他，天下讀書種子，從此斷絕了。”雖是器重孝孺，未免言之太過。燕王首肯，記在心裡，所以大索罪人，雖列孝孺為首犯，意中恰很欲保全，迫他臣事。且召他門徒廖鏞、廖銘等，入獄相勸。孝孺怒叱道：“小子事我數年，難道尚不知大義麼？”廖鏞等返報燕王，燕王也不以為意。

未幾欲草即位詔，廷臣俱舉薦孝孺，乃復令出獄。孝孺仍衰絰登陛，悲慟不已。燕王恰降座慰諭道：“先生毋自苦！朕欲法周公輔成王呢。”孝孺答道：“成王何在？”燕王道：“他自焚死了。”孝孺複道：“何不立成王子？”燕王道：“國賴長君，不利沖人。”孝孺道：“何不立成王弟？”燕王語塞，無可置詞，勉強說道：“此朕家事，先生不必與聞。”遁辭知其所窮。孝孺方欲再言，燕王已顧令左右，遞與紙筆，且婉語道：“先生一代儒宗，今日即位頒詔，煩先生起草，幸勿再辭！”孝孺投筆於地，且哭且罵道：“要殺便殺，詔不可草。”燕王也不覺氣憤，便道：“你何能遽死？就使你不怕死，獨不顧九族麼？”孝孺厲聲道：“便滅我十族，我也不怕。”說至此，復拾筆大書四字，擲付燕王道：“這便是你的草詔。”燕王不瞧猶可，瞧著紙上，乃是“燕賊篡位”四字，觸目驚心，然孝孺也未免過甚。不由的大怒道：“你敢呼我為賊麼？”喝令左右用刀抉孝孺口，直至耳旁，再驅使繫獄。詔收孝孺九族，並及朋友門生，作為十族。每收一人，輒示孝孺。孝孺毫不一顧，遂一律殺死。旋將孝孺牽出聚寶門外，加以極刑。孝孺慷慨就戮，賦絕命詞道：“天降亂離兮，孰知其由？奸臣得計分，謀國用猶。忠臣發憤兮，血淚交流。以此殉君兮，抑又何求？嗚呼哀哉！庶不我尤。”孝孺弟孝友，亦被逮就戮，與孝孺同死聚寶門外。臨刑時，孝孺對他淚下，孝友口占一詩道：“阿兄何必淚潸潸，取義成仁在此間。華表柱頭千載後，旅魂依舊到家山。”都人稱為難兄難弟。可惜愚忠。孝孺妻鄭氏，及二子中憲、中愈，皆自經。二女年未及笄，被逮過淮，俱投河溺死。宗族親友，及門下士連坐被誅，共八百七十三人，廖鏞、廖銘等俱坐死。滅人十族，不愧燕賊大名。

齊泰、黃子澄先後被執，由燕王親自鞫訊，兩人俱抗辯不屈，同時磔斃。還有兵部尚書鐵鉉，受逮至京，陛見時毅然背立，抗言不屈。燕王強令一顧，終不可得，乃命人將他耳鼻割下，爇肉令熟，納入鉉口，並問肉味甘否？自古無此刑法。鉉大聲道：“忠臣孝子的肉，有何不甘？”燕王益怒，喝令寸磔廷中。鉉至死猶罵不絕口，燕王復令人舁鑊至殿，熬油數鬥，投入鉉屍，頃刻成炭。導使朝上，屍終反身向外。嗣命人用鐵棒十餘，夾住殘骸，令他北面，且笑道：“你今亦來朝我麼？”一語未完，鑊中熱油沸起，飛濺丈餘，燙傷左右手足。左右棄棒走開，屍身仍反立如前。不愧鐵鉉。燕王大驚，乃命安葬。戶部侍郎卓敬，右副都御史練子寧，禮部尚書陳迪，刑部尚書暴昭、侯泰，大理寺少卿胡閏，蘇州知府姚善，御史茅大芳等，皆列名罪案，陸續逮至，彼此不肯少屈，備受慘毒，不是擊齒，就是割舌，甚且截斷手足，到了殺死以後，還要滅他三族。他如太常少卿廖昇，修撰王艮、王叔英，都給事中龔泰，都指揮葉福，衡府紀善周是修，江西副使程本立，大理寺丞鄒瑾，御史魏冕，皆在燕王攻城時，見危自殺。又有禮部尚書陳迪，戶部侍郎郭任，禮部侍郎黃觀，左拾遺戴德彝，給事中陳繼之、韓永，御史高翔、謝昇，宗人府經歷宋徵，刑部主事徐子權，浙江按察使王良，漳州教授陳思賢等，