“春生秋殺，天道之常，”居正說，“皇上即位以後，停刑已經不止一次：稂莠不去，反害嘉禾；兇惡不去，反害善良。愚臣看來，還是不必停。”

神宗聽了以後，奏明太后，應處死刑的，一概准予執行。

這一點牽涉到古代統治階級的政治思想問題。不負實際責任的人常常主張寬大，但是負擔實際責任的人，便認為這是一個難題。鄭子產臨死的時候和子太叔說：“我死後，國家大政是你底事了。有德的人，也許能夠以寬服民，其次莫如猛。火底威焰，人人看到都害怕，所以燒死的人不多；水性懦弱，人人都覺得可愛可近，偏偏死在水中的人多了。所以寬大不是一件容易的事。”

子產死後，政權落到子太叔手上，這是一位官僚主義的統治者。被壓迫的人民大眾得到這個機會，發動起來，爭取他們的自由。子太叔懊恨極了，他認為早聽於子的話，一定不至於此，這才調動軍隊，把起義的人民鎮壓下去，仍走上反動統治者的老路。

居正是主張猛的，他曾說過：“使吾為劊子手，吾亦不離法場而證菩提。”他看到元末的大動亂，完全因為當局的寬縱，以致演成不可收拾的慘劇。所以他認定“君子為國，務強其根本，振其紀綱，厚集而拊循之，勿使有釁，脫有不虞，乘其微細，急撲滅之，雖厚費不惜，勿使滋蔓，蔓難圖矣。”（文集十一《雜著》）他又說過：“盜者必獲，獲而必誅，則人自不敢為矣。”（書牘八《答總憲吳公》）關於捕“盜”的事，在考成法也有明文規定。後來萬曆七年，因為“盜犯”中途脫逃的事，他說：張國用查系三月初間，已屬順天府著長解押發，乃至今尚未到，此必中途賄逃矣。頃已令該府捕長解家屬監候，又行逐程挨查，於何處脫逃，務見下落，事系考成，期限已迫。若此時尚未到，執事亦宜上疏自白，請旨緝拿，務令得獲正罪，庶足示懲。若已到，則照在京例，盡法處之，不可縱也。（書牘十一《答河漕姜按院》）

居正底主張是“盜”者必獲，獲則必“誅”，這是考成法底規定。但是如《明史》所載，居正當國之時，“大辟之刑，歲有定額，”（《明史》卷二二〇《趙世卿傳》）又稱“居正法嚴，決囚不如額者罪”，（《明史》卷—二九《艾穆傳》）都難免有些以訛傳訛。每年死刑，要有一定的名額，就在當時，也不能不算是一件不可思議的事。但是《艾穆傳》稱艾穆為刑部員外郎，到陝西複審的時候，艾穆決定只有兩個人處死刑，同審的人惟恐太輕了，要受到政府底處分，艾穆慷慨地說：“我可不會拿別人底生命保障自己底地位。”

在居正大權在握的當中，地方官吏奉行過甚，也是不免的事。

二年十月遼東大捷，除了遼東總兵官李成梁進左都督以外，薊遼督撫以及內閣諸臣一體加恩，居正具疏力辭，神宗親筆下諭：敕諭元輔張少師：朕以幼衝嗣位，賴先生匡弼啟沃，四方治安，九邊寧靖。我祖宗列聖，亦鑑知先生之功，就加顯爵不為過。乃屢辭恩命，惟一誠輔國。自古忠臣，如先生者罕。朕今知先生實心，不復強，特賜坐蟒衣一襲、銀錢五十兩，以示優眷，申成先生美德，其欽承之。（奏疏四《御札獎勵疏》）

自從俺答封貢事定以後，戰事底中心逐漸東移。東部的韃靼，在土蠻底領導下，繼續和朝廷作戰，最困難的問題是“屬夷”。喜峰口、宣化境外有朵顏衛，錦州、義州、廣寧境外有泰寧衛，瀋陽、鐵嶺、開原境外有福餘衛，這是所謂大寧三衛；迤東還有建州衛。在名義上他們都服屬中國，所以稱為“屬夷”，但是事實上泰寧部長速把亥、炒花，朵顏部長董狐狸、長昂，以及建州衛都指揮王杲都和土蠻相通，成為薊遼一帶的邊患。要對付土蠻，第一便得對付“屬夷”，所以萬曆元年，居正就認定處置“屬夷”之策，為國家大事，急宜經理。（書牘五《與王敬所論大政》）這一次遼東大捷，李成梁斬建州部落一千一百餘人，後來連王杲也殺了，當然是對付“屬夷”的一次“成功”。

戰事中心到了薊遼，但是薊遼最大的遺憾，便是地形的缺陷。整個三衛，盤據在熱河和遼寧底西邊，薊州和遼東兩鎮，失去應有的聯絡。居正底計劃，是遵守楊博固守邊牆的遺策，一面整理薊州一帶的邊牆，（書牘六《答薊遼督撫吳環洲言虜情》）以備韃靼底進攻；同時也計劃反攻。他聯絡遼東、宣府、薊州三鎮，主張由薊州堅守，由遼東、宣府雙方夾擊。他給方逢時說起：比者遼左之功，固為奇絕，朝廷賞功之典，亦極其隆厚，然僕於此，蓄意甚深，謹密以告公。今九邊之地，薊門為重，以其為國之堂奧也。自嘉靖庚戌以來，虜禍日中於