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林碧潭底提議推翻了，居正一切聽從季馴的主張。後人稱居正為偏執，倘使認識居正對於河工的處理，也許不至認為偏執吧！經過這一度論定以後，季馴對於工事，著著進展，萬曆七年秋後，大功完成，季馴致函居正，推功當軸。居正復書道：比聞黃浦已塞，堤工漸竣，自南來者，皆極稱工堅費省，數年沮洳，一旦膏壤，公之功不在禹下矣。仰睇南雲，曷勝欣躍。追憶庀事之初，言者蜂起，妒功幸敗者，旁搖陰煽，蓋不啻築室道謀而已。仰賴聖明英斷，俯納瞽言，一舉而裁河道，使事權不分，再舉而逮王、楊，使冥頑褫魄，三舉而詘林道之妄言，僕異議之赤幟，使無稽之徒，無所關其說，然後公得以展其宏猷，底於成績，皆主上明斷，屬任忠賢之所致也。公乃舉而歸之不穀之功，惶愧。（書牘十一《答河道潘印川論河道就功》）

季馴於河工告成以後，上疏神宗，這是一篇洋洋灑灑的大文，最後他說起：

臣等乃思欲疏下流，先固上源，欲遏旁支，先防正道，遂決意塞決以挽其趨，築遙堤以防其決，築減水壩以殺其勢而保其堤。一歲之間，兩河歸正，沙刷水深，海口大辟，田廬盡復，流移歸業，禾黍頗登，國計無阻，而民生亦有賴矣。蓋築塞似為阻水，而不知力不專則沙不刷，阻之者乃所以疏之也：合流者似為益水，而不知力不弘則沙不滌，益之者乃所以殺之也。旁溢則水散而淺，返正則水束而深：水行沙面，則見其高；水行河底，則見其卑；此既治之後，與未治之先，光景大相懸絕也。每歲修防不失，即此便為永圖，借水攻沙，以水治水，臣等愚昧之見，如此而已。至於復閘壩，嚴啟閉，疏浚揚河之淺，亦皆尋繹先臣陳瑄故業，原無奇謀秘策，駭人觀聽者。偶幸成功，殊非人力。實皆仰賴我皇上仁孝格天，中和建極，誠敬潛孚而祗靈助順，恩威並運而黎獻傾心；念轉輸乃足國之資，軫昏墊切儆予之慮，宵旰靡皇，絲綸屢飭：其始也，並河、漕以一事權，假便宜以任展布，故臣等得效芻蕘之言；其既也，逮偷惰以警冥頑，折淆言以定國是，故臣等得盡胼胝之力：俯從改折之議，國計與民困鹹紓，特頒賞賚之仁，臣工與伕役競勸；致茲無兢之功，遂成一歲之內。今兩河蒸黎，歌帝德而祝聖壽者，且洋溢乎寰宇矣，臣等何敢貪天功以為己力哉！

季馴上疏以後，工科給事中尹瑾奉命踏勘。萬曆八年二月，勘畢奏報，降旨加季馴太子太保，升工部尚書兼都察院左副都御史。季馴對於居正的感激，真是徹底，直到居正身後，全家被禍的時候，他還冒著神宗盛怒，上疏請求降恩有釋，終於季馴也得到革職為民的處分。這是季馴黨庇居正嗎？不是。他認識，倘使在萬曆六、七年間，沒有居正底支援，他便沒有完成河工，報效國家的機會。

萬曆五年九月十三日，居正底父親逝世，到萬曆七年十二月，已經二十七個月了。神宗詢問吏部，居正何時服滿；吏部複稱扣至萬曆七年十二月二十四日期滿。明代，親喪守制二十七個月，自聞訃日起算，不計閏月。居正九月二十五日聞訃，所以扣至是日期滿。十二月二十三日，神宗派文書官孫斌捧手諭到居正私宅，內稱：諭元輔張少師先生：在京守制，忠、孝兩全，今當服滿，朕心忻慰，特賜玉帶一條、大紅坐蟒、蟒衣各一襲、金執壺一把、金臺盞一副，用示眷知。念五日早朝畢，候朕於平臺召見，以後朝參經筵，俱照舊行，先生欽承之。（見奏疏九服闋謝降敕召見賜衣帶金器疏》）

居正復疏中言：“臣敢不益攄丹悃，仰答隆施！倘筋力之未疲，遠道寧忘於驅策；如髮膚之可效，微生何愛於