居正雖知鎖南堅錯非闡化王，但是對於他在宗教上的地位，似乎不很清楚。他所注意的，只是鎖南堅錯底政治作用。他和侯東萊說：虜王乞番僧追貢事，已屬本兵議處。渠既系烏思藏一種，自難卻謝，但止可照西番闡化諸王例，若欲如北虜貢馬，則不可許也。順義前在宣大，亦曾饋孤以馬匹、弓、矢，彼時止託督、撫諸公，以書謝之，量與回答；蓋孤職在密邇，義不得與外夷相通。今承寄渠書，亦如宣大例，煩公為孤作一書答之，中間略說渠西行勞苦，既得見佛，宜遵守其訓，學好戒殺，竭忠盡力，為朝廷謹守疆場，享壽考太平之福，不宜聽後生妄為，自生煩惱。所言番人追貢事，此種僧人，久失朝貢，本當絕之，茲因渠之請乞，特為允許，但止可照西番例，從陝西入貢，若欲如虜王諸部落貢馬等項，則不可也；明春可即回巢住牧，自渠行後，西邊部落，俱兢兢奉法，惟青把都一種，稍覺參差，以是渠宜早回，約束諸部，堅守約束，以終前功，亦不辜區區數年懷柔撫綏之意也。渠每年賞賜段匹等物，內庫俱一一送與孤看過，然後發行，渠安得知之，書中亦可略及此意。外仍希處蟒衣二匹，紵絲二匹，茶百斤，米麵下程一分，以犒勞之，見渠書已到也。（書牘十《答甘肅巡撫侯掖川》）

這還是六年年底的事，次年，居正又屢次提起此事：

藏僧求貢事，誠制馭虜酋之一機。承示即入告主上，已荷俞允，其回賜諸物，皆命內庫送不穀閱過乃發，聖德柔遠之仁，可謂幷包無外矣。闡化求封一節，禮部謂彼中見有闡化王，嘉、隆間皆曾入貢，與復封之說相左，恐有詐冒，不得不一行查，可遣使同順義一人至藏中一查之，當得其要領也。其所遺不穀者，雖不可峻拒，宜奏知聖主而後受之，託掖川公量為酬答，以慰其意。仍希以鄙意傳喻順義，促之早歸。建寺一節，似亦可從，俟宣大軍門有疏，即為請行。此酋歸，則貢市愈堅，而西鎮可安枕矣。若將賓兔一枝，攜之來歸，尤妙，不知彼肯從否？（書牘十一《答貴州巡撫何萊山》按萊山即起鳴，後調山東巡撫。在貴州時無從預聞俺答事，疑標題有誤。）

答藏僧鎖南堅錯遍金紵絲二端、銀紵絲二端，此外仍加茶百斤、及細布等物，或再欲從厚，則加一數念珠子。去人不便多費，煩即於撫賞銀內處給，可入查盤也。仍乞代為傳示，謝其遠意。通貢一節，已奏知主上俞允，今且先授禪師之號，後若化虜有功，次第加進，決不吝借。此後中華番虜，合為一家，永享太平，垂名萬世矣。其順義先已傳諭，今不審當再諭否？望公以便宜行之。如欲遺以食物，亦即撫賞內處給亦可。（同卷《答甘肅巡撫侯掖川》）

《明史·韃靼傳》稱賓兔為俺答之子：“俺答常遠處青山，二子：日賓兔，居松山，直蘭州之北；日丙兔，居西海，直河州之西；並求互市，多桀驁，俺答諭之，亦漸馴。”俺答諸子，自黃臺吉以下，凡有數人：在西邊的只有賓兔、丙兔。居正底計劃，要俺答把賓兔帶到宣大塞外，甘肅便可得到暫時的安寧。總之，對付鎖南堅錯，無論何如，居正底目光，始終落在韃靼身上。七年他又說起：藏僧通貢授官給賞事，前啟已悉，僧衣圖書等項，俱付差人費上矣。俺酋折北於西伐，從此能卷銳以俟再舉，策之上也。乃逞忿報復，以致部眾離心，勢窮力蹙，必致一敗塗地而後已，此天將亡虜之徵也。請和西番，斷不可許。回巢建寺一節，亦只可量助物料，工完，賜以名額。豈有堂堂天朝特為建寺而勸之回巢者乎？凡此皆挾中國以為重，而示威於瓦刺，不可從也。自今勸令回巢之言，亦不必太急。彼既喪敗，勢不得歸，然亦必歸。今在西海，不免為貴鎮擾，公且耐煩處之。撫賞費用，已屬本兵議處，諒彼亦自不能久也。（同卷《答甘肅巡撫侯掖川》）

萬曆七年二月，神宗發疹。慈聖太后看著病勢嚴重，下令僧侶開壇，設法度眾。一個四十歲左右的婦女，認為做些功德，可以“保祐”皇上早日痊癒，本來是一件可笑的事。居正隨即疏稱“戒壇奉皇祖之命禁止至今，以當時僧眾數萬，恐生變敗俗也。今豈宜又開此端？聖躬違豫，惟告謝郊廟、社稷，斯名正言順，神人胥悅，何必開戒壇而後為福哉？”（原疏不見《張文忠公全集》，略見《明史紀事本未》卷六十一。）經過這一度駁回以後，戒壇只有停止。三月初，神宗病體大愈，禮部奉旨擇於初九日請皇上視朝。初八日，文書官到內閣，對居正口傳聖旨：聯明日早朝，切欲與先生一見，奈先生前有旨，不在朝參之列。明日未朝之時，先於平臺召見，說與先生知之。

初九日黎明，居正至文華殿伺候。神宗召見，居正叩頭稱賀道：“恭惟