雨忍村的首領――山椒魚半藏憑藉獨特的和平理念和與生俱來的人格魅力，在雨之國各地擁有了一大批擁護者。

可是，正因為雨之國的開放，才讓雨之國成為了土之國、火之國、風之國的矛盾交集點。

在忍界大戰中，火之國和土之國無視雨之國的意見，在雨之國境內交戰。山椒魚半藏無法忍耐，便同時向土之國和火之國宣戰，結果雨忍村戰敗。在最後的一場戰役中，山椒魚半藏同時打敗了自來也、千手綱手、大蛇丸這三人，並賦予他們木葉三忍的稱號。

在接下來的日子裡，土之國和火之國依然在雨之國中明爭暗鬥。雙方雖然都已經撤兵，但是他們的暗部都在雨之國境內廣泛活動，其中活動最活躍的就是志村團藏和他的根組織。

在團藏的陰謀詭計下，山椒魚半藏被迷惑，迫害了和他擁有同樣理念的曉組織、殺死了彌彥。這件事也令長門下定了戰鬥的決心。長門最終在雨之國的內戰中，殺死了山椒魚半藏，併成為雨之國的“神”。為了穩定雨之國現在的局勢，長門下令閉關鎖國。不再與其他國家接觸，這才換取了雨之國短暫的和平。