安穆慮事洩，乃馳歸。玄以為邁為竟陵太守，邁欲亟之郡。是夜，玄與邁書曰：“北府人情云何？卿近見劉裕何所道？”邁謂玄已知其謀，晨起，白之。玄大驚，封邁為重安侯。既而嫌邁不執安穆，使得逃去，乃殺之，悉誅元德、扈興、厚之等。

眾推劉裕為盟，總督徐州事，以孟昶為長史，守京口，檀憑之為司馬。彭城人應募者，裕悉使郡主簿劉鍾統之。丁巳，裕帥二州之眾千七百人，軍於竹裡，移檄遠近，聲言益州刺史毛璩已定荊楚，江州刺史郭昶之奉迎主上返正於尋陽，鎮北參軍王元德等並帥部曲保據石頭，揚武將軍諸葛長尼已據歷陽。

玄移還上宮，召侍官皆入止省中；加揚州刺史新安王桓謙征討都督，以殷仲文代桓修為徐、兗二州刺史。謙等請亟遣兵擊裕，玄曰：“彼兵銳甚，計出萬死，若有蹉跌，則彼氣成而吾事去矣；不如屯大眾於覆舟山以待之。彼空行二百里，無所得，銳氣已挫，忽見大軍，必驚愕；我按兵堅陣，勿與交鋒，彼求戰不得，自然散走，此策之上也。”謙等固請擊之，乃遣頓丘太守吳甫之、右衛將軍皇甫敷相繼北上。玄憂懼特甚。或曰：“裕等烏合微弱，勢必無成，陛下何慮之深！”玄曰：“劉裕足為一世之雄，劉毅家無擔石之儲，樗蒲一擲百萬，何無忌酷似其舅；共舉大事，何謂無成！”

南涼王傉檀畏秦之強，乃去年號，罷尚書丞郎官，遣參軍關尚使於秦。秦王興曰：“車騎獻款稱籓，而擅興兵造大城，豈為臣之道乎？”尚曰：“王公設險以守其國，先王之制也。車騎僻在遐籓，密邇勍寇，蓋為國家重門之防，不圖陛下忽以為嫌。”興善之。傉檀求領涼州，興不許。

初，袁真殺硃憲，憲弟綽逃奔桓溫。溫克壽陽，綽輒發真棺，戮其屍。溫怒，將殺之，桓衝請而免之。綽事衝如父，衝薨，綽嘔血而卒。劉裕克京口，以綽子齡石為建武參軍。三月，戊午朔，裕軍與吳甫之遇於江乘。將戰，齡石言於裕曰：“齡石世受桓氏厚恩，不欲以兵刃相向，乞在軍後。”裕義而許之。甫之，玄驍將也，其兵甚銳。裕手執長刀，大呼以衝之，眾皆披靡，即斬甫之，進至羅落橋。皇甫敷帥數千人逆戰，寧遠將軍檀賃之敗死。裕進戰彌厲，敷圍之數重，裕倚大樹挺戰。敷曰：“汝欲作何死！”拔戟將刺之，裕瞋目叱之，敷辟易。裕黨俄至，射敷中額而踣，裕援刀直進。敷曰：“君有天命，以子孫為託。”裕斬之，厚撫其孤。裕以檀憑之所領兵配參軍檀祗。祗，憑之之從子也。

玄聞二將死，大懼，召諸道術人推算及為厭勝。問群臣曰：“朕其敗乎？”吏部郎曹靖之對曰：“民怨神怒，臣實懼焉。”玄曰：“民或可怨，神何為怒？”對曰：“晉氏宗廟，飄泊江濱，大楚之祭，上不及祖，此其所以怒也。”玄曰：“卿何不諫？”對曰：“輦上君子皆以為堯、舜之世，臣何敢言！”玄默然。使桓謙及遊擊將軍何澹之屯東陵，侍中、後將軍卞範之屯覆舟山西，眾合二萬。

己未，裕軍食畢，悉棄其餘糧，進至覆舟山東，使羸弱登山，張旗幟為疑兵，數道並前，佈滿山谷。玄偵候者還，雲“裕軍四塞，不知多少。”玄益憂恐，遣武衛將軍庾賾之帥精卒副援諸軍。謙等士卒多北府人，素畏伏裕，莫有鬥志。裕與劉毅等分為數隊，進突謙陳；裕以身先之，將士皆殊死戰，無不一當百，呼聲動天地。時東北風急，因縱火焚之，煙炎慓天，鼓譟之音震動京邑，謙等諸軍大潰。

玄時雖遣軍拒裕，而走意已決，潛使領軍將軍殷仲文具舟於石頭；聞謙等敗，帥親信數千人，聲言赴戰，遂將其子昇，兄子浚出南掖門。遇前相國參軍胡籓，執馬鞚諫曰：“今羽林射手猶有八百，皆是義戰，西人受累世之恩，不驅令一戰，一旦舍此，欲安之乎！”玄不對，但舉策指天，因鞭馬而走，西趨石頭，與仲文等浮江南走。經日不食，左右進粗飯，玄咽不能下，昇抱其胸而撫之，玄悲不自勝。

裕入建康，王仲德抱元德子方回出候裕，裕於馬上抱方回與仲德對哭。追贈元德給事中，以仲德為中軍參軍。裕止桓謙故營，遣劉鍾據東府。庚申，裕屯石頭城，立留臺百官，焚桓溫神主於宣陽門外，造晉新主，納於太廟。遣諸將追玄，尚書王嘏帥百官奉迎乘輿，誅玄宗族在建康者。裕使臧熹入宮，收圖書、器物，封閉府庫；有金飾樂器，裕問熹：“卿得無慾此乎？”熹正色曰：“皇上幽逼，播越非所，將軍首建大義，劬勞王家，雖復不肖，實無情於樂。”裕笑曰：“聊以戲卿耳。”熹，燾之弟也。

壬戌，玄司徒王謐與眾議推裕領揚州，裕固辭，乃以謐為侍中、領司徒、揚州刺史、錄尚書事，謐推裕為使持