顧問。1960年開始，他為哥哥統籌競選總統的活動。1961年在約翰肯尼迪總統的內閣中任司法部長。直到肯尼迪總統被刺殺身亡，他仍在繼任的林登約翰遜總統任內留任至1964年。他主持司法部44個月，作為法律政治家的他對工作有許多改進。

他支援種族平等，支援從民權自*的附加條款向加強高等教育和選舉權方面轉變。當他在1961年5月得知一群不懷好意的人在蒙哥馬利縣威脅民權領袖馬丁路德金及其1200名支持者的時候，及時派出了400名聯邦執法官去保護他們。他領導了一場強大而富有想象力的反對有組織犯罪活動。他最引以為自豪的是，收集證據將霍法定罪。

但是他最大的貢獻還是在古巴導彈危機期間，他的智慧和節制都是出了名的，當其他人都建議總統入侵或轟炸古巴時，他則提出了海軍封鎖計劃。後來，他又說服了哥哥對蘇聯領導人尼基塔赫魯曉夫的第一個而不是第二個通報做出回應，從而避免了一場核對抗。1964年他輕而易舉地競選成為紐約州參議員。他現在已經是民1主黨黨內的一個重要人物，是一個越南戰爭的一個重要的批評者和自*主義民1主黨人的代言人。

就在1968年的3月18日，他以民1主黨提名總統候選人的身份，針對約翰遜政府的越南政策進行尖銳的抨擊。他不僅是反戰和反約翰遜的民1主黨人，他還是那些被忽視、被剝奪特權的美國人融為一體，併為他們搖旗吶喊的首批美國政治家中的一員，他與之融為一體的有居住在少數民族聚集區的西班牙人、美國黑人，拉美人，美國土著。從加利福尼亞奇卡諾農場的工人，俄勒岡到密歇根再到紐約的移民，居住在害蟲蔓延的貧民窟具有不同背景的家庭等等。

更加重要的是，如果一旦羅伯特肯尼迪成為美國總統，那麼他肯定會不惜一切代價調查他哥哥約翰肯尼迪的死因。而這卻不是林登約翰遜和J埃德加胡佛兩人所願意看到的。

“總統先生，你認為該怎樣辦？”胡佛是一隻老狐狸，他雖然知道約翰遜要他特意安排這個生日聚會的意思，但是他決不會自己說出來。

約翰遜冷冷地看著對面的這位已經73歲的老者，然後字斟句酌地說道：“這個人一旦成為美國總統，那麼對於大多數美國人民來說，一定是一場災難。於公於私，我們都必須果斷制止這種情況的發生。”

“總統先生的意思是——”胡佛繼續追問道。

“為了美國和近兩億美國人民，我們必須幹掉他！”約翰遜正氣凜然地說道，同時眼中放射出令人恐懼的光芒。

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約翰遜說出這種話來，胡佛並不覺得奇怪和驚訝，他早就猜到了這位總統的心思。

胡佛心中暗暗嘆息一聲。從1924年開始，胡佛就已經擔任了聯邦調查局的局長，在這個位置上，他一坐就是44年。在這44年裡面，他與7位總統共事過。但是，之前沒有一個總統有約翰遜這樣膽大妄為過，也沒有一位總統有約翰遜這麼心狠手辣過，更沒有一個總統有他那麼多的心機。他不得不承認，自己可以控制或者制約前面的6位總統，卻唯獨不能制約眼前的這個人。雖然在大多數人眼裡，他胡佛是全美國最有權勢的人物，但是胡佛知道，自己在這個人面前並非這樣。

他記得，在1963年一個夏天的晚上，也是參加某一個人的宴會，也是在某一間小房子裡，當時還是副總統的約翰遜秘密會晤了他。在那天晚上，他們聯手製定了一套行之有效的刺殺當時總統約翰肯尼迪的計劃。於是在當年的11月22日那一天，約翰肯尼迪總統在達拉斯身中8槍，當場死亡！那一次他和他的FBI並不是主力，主力是中央情報局和一批約翰遜身後的石油大亨。

其實，和其他總統以及很多美國政要一樣，胡佛的秘密檔案裡，同樣紀錄著約翰遜當時的醜聞。這個人不僅有著一個幾千萬美元的“黑金庫’，而且還有一位情人及一個私生子。這任何一條都足以讓他聲名掃地，甚至讓他受到法律的制裁。然而，他沒想到的是，這個人同樣掌握著他胡佛的把柄，他的把柄同樣可以讓他聲名掃地，葬送他的一切，毀滅他一世英名。而且，這個人有一股不達目的誓不罷休的脾性。於是胡佛權衡利弊，終於與他上了同一條船，並且與他成為了朋友。

約翰肯尼迪被刺兩天之後，約翰遜順勢成為了美國總統。胡佛很快發現，他的這位“朋友”的很多政見是與他相同的，比如在對待美共方面，對待蘇聯方面等。同時他還發現，他們的興趣都是十分相近的，比如約翰遜也喜歡看《花花公