根據10月4日在佛山召開的全省188縣商團代表大會的決定，舉行第二次罷市，同時在廣州城內構築街壘備戰。在同一天，商團竟向慶祝雙十節的遊行隊伍開槍，打死10餘人，打傷和逮捕群眾100餘人，公開進行武裝叛亂。

中###人身先事卒，堅決主張鎮壓商團叛亂。中共廣東區委召開萬人大會。中共廣東區委軍事負責人，即將就任黃埔軍校政治部主任的周恩來在會上發表演講，號召工農群眾和廣大市民組織起來反擊反革命的挑戰。中共方面還建議胡漢民把扣壓的商團的1萬支槍和300多萬發子彈用來武裝工人，這些裝備再加上附近組織起來的農民自衛軍的3000支槍和黃埔軍校的2000餘名學生，足以鎮壓叛亂，但胡漢民優柔寡斷，遲遲不採取行動，反助漲了商團氣焰。

孫中山在中共大力支援下，最終在10月13日命令韶關警衛軍及部分粵軍晝夜兼程趕回廣州。14日任命胡漢民代理革命委員會委員長，廖仲愷為秘書長，對商團採取行動。15日命令蔣介石為總指揮，協助胡、廖二人剿滅叛亂。當天，廣州革命政府調動黃埔軍校學員800名，工人和農民糾察隊3200人，湘、滇軍校學員700餘人，吳鐵城指揮的警察2000餘人，交由蔣介石指揮平叛，僅經過半日激戰，不可一世的商團即被徹底剿滅。

國共合作平定商團叛亂，打響了大革命高潮的第一槍，清除了廣州革命政府的心腹之患，穩定了政局，為推動革命形勢的進一步發展創造了條件。

這也是蔣介石在國共合作的背景下，在廣大工農群眾和市民的支援下，第一次獨立指揮並打贏的戰鬥。當然他沒有把賬記在工農大眾的頭上，在他看來，孫中山指揮失當，胡漢民錯誤妥協，中共冒險，只有他是反擊商團的英雄。無論怎樣，平定商團的勝利，提高了蔣介石的威信，奠定了他後來作為國民黨軍事領袖，篡奪國民黨最高領導權的基礎。

平定商團叛亂後，坐鎮韶關的孫中山先後兩次來電，要蔣介石把當初扣壓的商團軍械的餘下部分迅速運往韶關。但蔣介石又一次抗命不從。對於蔣介石的這一次抗命，孫中山非常氣憤，在電報中責問：“此械兄竟以何用為最適宜？”並在最後一封電報中下令說：“所餘300支槍，必即日運韶，以利北伐。”但蔣介石最終沒執行。

在平定商團後，蔣介石抗命不從的性質與前一次不同。此時的蔣介石已非往昔，他已經擁有自己的軍隊——黃埔學生；擁有自己的勢力範圍——部分國民黨的軍事領域；已經準備自行其是——介入國民黨的軍事決策過程、擴充兵力。

蔣介石在晚年也沒有對這次抗命行為作出過交代，談及此事時，總是隻講平定商團的功勞，不講拒運武器參加北伐的事實。1924年10月31日，孫中山在北伐沒有取得戰績的情況下回到廣州，13天后啟程北上去北京，蔣介石頭上的“緊箍圈”消失。

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黃埔建軍

孫中山之所以北上去北京，其緣由是：1924年10月23日，出身貧窮自詡為孫中山先生信徒的直系將領馮玉祥、胡景翼等人發動“北京政變”，推翻了直係軍閥曹錕、吳佩孚控制的北洋政府。10月28日，馮玉祥等將領又發出召集和平會議的通電，提出按照孫中山先生的建國大綱建立新政府，歡迎孫中山北上任新政府的領袖。11月1日，馮玉祥又致電孫中山：“一切建國方略，尚賴指揮，望速命駕北來。”被馮玉祥將軍等推出來主持北洋政府工作的皖系軍閥段祺瑞也派出代表許世英專程南下廣州，迎接孫中山北上。

當時在“中華民國”的大旗下，在革命原則上，能不透過戰爭實現中國北方和南方統一，將中國建設成資產階級民主共和國，是益於國家和人民大眾的好事。孫中山於是同意北上。11月4日，孫中山命胡漢民留守廣州，任代元帥，任命譚延輳е鞽執蟊居�捅狽ゾ�隆�11月10日，孫中山發表《北上宣言》，主張速開國民會議和廢除外國列強強加給中國的一切不平等條約。13日，孫中山和夫人宋慶齡及隨行人員汪精衛、邵元衝、陳友仁、李烈鈞等登上永豐號軍艦，在蘇聯軍艦“波羅斯基號”的護航下前往香港，途中他最後一次視察了他視為“掌上明珠”的黃埔軍校。

輪渡緩緩開動，從東郊碼頭駛向廣州東南方向的黃埔區長洲島。孫中山記得，半年前初夏的珠江，一涇汪洋，水雲連天，6月16日他就是沿著這條航道，乘坐“江固”號軍艦登上長洲島，宣佈這所在中共和蘇聯幫助下創辦的“國民黨中央陸軍軍官學校”正式開學的。他記得