隨著東華門城門被炸開，明軍吶喊著衝入了皇城內，與守衛於此的清軍廝殺，雙方喊殺聲震天，守衛皇城的清軍很快被擊潰，明軍順勢猛攻滿城。

與此同時，城北金川門外，主攻的俄羅斯衛戍軍經過一番血戰，終於攻破金川門與鍾阜門，大軍長驅直入，鎮守於此的昂邦章京被衛戍軍一斧劈成了兩半，剩餘清軍皆望風而逃。

隨即，明軍在張天祿的率領下猛攻儀鳳門，配合攻城的鄭氏水師提督黃安拿下城門，大隊明軍從城北而入，訊息很快傳到其他幾門，各門清軍得到訊息後皆再無戰意，不戰而逃，僅有八旗兵還負隅頑抗，但很快就被殲滅，城門也隨之落入明軍手中。

江寧巡撫周伯達沒有和綠營兵一同逃跑，親自鎮守定淮門的他在明軍破城後，站在原地任憑明軍圍上來將他俘虜，這位貳臣被俘虜後非常淡定，對著身邊的幾名士兵說道：“本官是江寧巡撫周伯達，領本官去見你們的督師領賞去吧！”

隨後，明軍大舉入城，因為有蘇言之前下達的死命令，要求各部對百姓秋毫無犯，因此大部分士兵都能夠嚴守軍紀，只有少數魯王軍和鄭氏麾下的子會無視軍紀，在路過居民區時闖入居民家中搶劫財物，但很快就被聞訊而來計程車兵抓了起來，等候發落。

明軍入城後，一路維持秩序，一路則是趕往城東，對還在固守的滿城展開了合圍，蘇言也離開了紫金山，來到了他“忠誠”的南京城內。