侍郎和兵部尚書等職，他為官清廉，愛民如子，深受百姓愛戴。當時的皇帝明英宗朱祁鎮昏庸無能，寵信宦官王振，朝綱被王振弄得烏煙瘴氣，恰逢明朝與瓦剌的也先部開戰，王振為了爭寵，便慫恿明英宗御駕親征，明英宗不顧于謙等大臣的勸阻，糊里糊塗的親征，結果五十萬軍隊被王振胡亂指揮，在土木堡兵敗如山倒，連明英宗也做了瓦剌的俘虜，王振也被亂兵殺死了，這就是歷史上著名的“土木堡之變”。明英宗朱祁鎮被瓦剌也先部落俘虜後，朝廷一片混亂，于謙挺身而出，並向太后提出封朱祁鎮為“太上皇”、改立朱祁鎮的弟弟朱祁鈺為皇帝、立朱祁鎮的長子朱見深為太子的建議，得到太后的同意，於是朱祁鎮的弟弟朱祁鈺登基為皇帝，歷史上稱為明代宗，明代宗即位穩定了國家，並挫敗了瓦剌也先想以朱祁鎮為要挾奪取中原的陰謀。于謙在大敵當前勇敢地率領北京的軍民抗擊瓦剌的入侵，並多次打敗了也先的進攻，取得了北京保衛戰的勝利。

後來，也先見朱祁鎮失去了作用，便嚮明朝索取了大量的財物後，把朱祁鎮放了回來，想用