經中認為人們若能存思三部八景二十四神，則三田五臟的真氣調和，不會有疾病，甚至能乘雲昇仙。值得注意的是，這些神的名字並非隨意起的，而是根據人身各器官的功能、所處方位以及顏色、狀態等，加以提煉概括成的。如對面部七神的介紹：“神蒼華字太元”；“腦神精根字泥丸”；“眼神明上字英玄”；“鼻神玉壟字靈堅”；“耳神空閒字幽田”；“舌神通命字正倫”；“齒神■峰字羅千”。

這些神名都是對相應器官進行形象的概括，各具特色。經中認為，人體正是靠這些神的主宰，才是以維持生理活動正常地進行，才能“形與神具”。這些神有別於自然力量的神，而是主宰人體生理活動的“功能神”。這也反映出古時人們對人體器官功能的一些正確認識，但他們卻將人體器官功能的主宰歸結於神，是明顯錯誤的。

《內景經》還對《存思法》進行詳細闡述。早期道教《太平經》中就有存思五臟神萬病都可消除的說法，《內景經》繼承這一思想並加以進一步揮。認為“存思百念視節度”，即要求存思身中百神，呼吸上下如一而除雜念。並認為“可用存思登虛空”，這是把存思之法當作學仙之道。可以說，存思是道教上清派典型的修煉方法，也是《內景經》的核心內容。所謂存思之法，《內景經》中包含兩個方面內容，一是指存思身內諸神，另外指存思身外之物。

道教認為人體多神，而以五臟神為主，故重視存思五臟神的色、形、氣、服飾、姓名等。《內景經》對於存思心、肝、脾、肺、腎等五臟神，都分別加以論述，其中對存思心神的論述最多。如經中述道：“心典一體五藏（髒）王，動靜念之道德行，清潔善氣自明光，坐起吾俱共棟樑，晝日曜景暮閉藏，通利華精調陰陽。”這是認為心有神靈，且是五臟之王，倘若經常存思心神，那麼陰陽和順，臟腑調勻，均無疾病。存思肝神：“肝氣鬱勃清且長，羅列六府生三光，……五色雲氣紛青蔥，閉目內眄自相望。”

肝屬東方木位，主青，故肝氣旺盛清而且長時，如東方之木主春，肝為生氣之本，閉目冥想生氣遍照體內五臟之腑，與臟腑相應，上為五色雲，如日月星辰光亮明徹，久久即可自己內視臟腑。“內視”是存思法中一種重要思想，就是指修煉者閉目存思，潛神入定後，內觀形體，神氣充溢而使體內朗然洞徹的景象。關於存思脾神：“脾長一尺掩太倉，中部老君治明堂，……黃衣紫帶龍虎章，長精益命賴君王，三呼我名神自通。”脾居中宮，存思脾神，即可增長精氣，延長壽命，心虛洞鑑，神靈自通。關於存思肺神：“肺部之宮似華蓋，下有童子坐玉闕。……素錦衣裳黃雲帶，喘息呼吸體不快，急存白雲和六氣，神仙久視無災害，同之不己形不滯。”肺為金宮，在五臟之上，狀似華蓋。

童子、白雲都是指肺神。當喘息不定呼吸不暢、身體不快時，就趕緊存思肺神，便能調和六氣而無災害，常用此道，可保形體不枯衰。關於存思腎神：“腎部之宮玄闕園，中有童子冥上玄，……蒼錦雲衣舞龍幡，……百病千災急當存，兩部水王對門生，使人長生■九天。”腎為水宮。玄闕園，喻指腎之外形。童子、水王都是指腎神。當人正生病時，就應立即存思腎神，這樣便能逢凶化吉，免除疾病而能昇天成仙。

《內景經》提出“三丹田”之說。關於三丹田之名，在此經之前的早期道教籍中尚未出現。《太平經》、《大洞真經》提到泥丸、心、臍等與之相關的名稱，只有到了《內景經》才明確提出“三丹田”的概念。丹田有上、中、下之分，故合作“三田”。每一丹田中各居著一位神，故有“三神”。又因丹田之室，方圓一寸，故稱寸田，下面分別簡介三丹田。

關於上丹田：眉間內入三寸為上丹田宮，也叫泥丸宮。“泥丸百節皆有神，……一面之神宗泥丸，泥丸九真皆有房，方圓一寸處此中，同服紫衣飛羅裳，但思一部壽無窮，非各別住俱腦中，列位次坐向外方”，講的是泥丸宮在一身之，是百神之主，泥丸百節都有神，它們都受腦主持而排定坐次，泥丸九真都穿紫衣羅裳，人們只要意守上丹田，存思九真神，就可以延壽不老。

關於中丹田：就是指心，又叫絳宮。經中述道：“六腑五臟神體精，皆在心內運天經，晝夜存之自長生”講的是，六腑五臟息息相關，共同維持人體正常運轉，它們各有所轄，有不同的運作方式，但都受心主宰，故心存則五臟六腑聽令而正常執行。人們若意守中丹田，存思不捨，自會長生。

關於下丹田：又叫氣海、精門、名關元、命門等，在臍下三寸處。經中講述下丹田的重要性：“或