外甥們，他們是生活在新澤西州的上蒙特克萊爾的瑪塞勒·湯普森·馬金遜（Marcella　Thompson　Makinson）夫人，以及她的兩個兄弟小米爾頓（Milton；　Jr。）和拉爾夫·湯普森（Ralph　Thompson），他們倆都生活在加利福尼亞州。霍華德·費伊說，在這期間，艾略特在他的斯坦迪斯盾形紋章旅館的公寓裡變得越來越孤獨。儘管如此，幾個華爾街的朋友還是經常來拜訪他，其中有羅伯特　M。　麥克勞理（Robert　M。　MacLaury），他是阿博特勳爵（Lord　Abbott）的經紀人，而且後來成了凱德·皮伯德（Kidder　Peabody）投資銀行的副總裁。當艾略特病得太重而不能去市裡拿信時，麥克勞理常常給他捎去他的業務信件。

在1946年7月和12月，艾略特至少盡力發行了兩份額外的週期性刊物，但他的慢性心肌炎正在使他的身體產生不良反應，再一次嚴重地影響了他的健康。到了1947年，艾略特的華爾街朋友們說服他進入布魯克林的循道宗信徒醫院進行健康檢查。同樣是這些朋友，很可能幫助艾略特轉移到了國王公園州立醫院，這是紐約頂尖的精神病醫院之一，在那些日子裡還有一類設施為老年病人提供家一樣的服務。在那兒，艾略特的基本需求得到了滿足，同時他度過了生命中的最後幾個月。艾略特與柯林斯繼續他們經常的會面，而且仍舊是朋友和相互通訊者。根據記錄，艾略特的思維一直都很敏銳，直到他的最後一天。

1948年1月15日，艾略特與世長辭。死因是慢性心肌炎，這是一種心臟肌肉持久的炎症。就像導致他從以前的職業中被迫退休的阿米巴感染那樣，艾略特肯定在中美洲時感染上了這種病。在那個地區，慢性心肌炎常常是由一種稱之為查格斯氏病（ChagasDisease）的寄生蟲感染引起的，它可以在最初暴露後的數年導致死亡。

一位前交易者聲稱，艾略特的朋友為他的火葬集了款（當亡者未留下直系親屬時的慣例），火葬兩天後在紐約州的中部鄉村的鮮池火葬場舉行。仙童子孫殯儀館的記錄說明，火葬是由艾略特夫人的外甥女瑪塞勒·馬金遜夫人安排的，她接受了艾略特的骨灰，就像6年前她接受艾略特夫人的骨灰那樣。在查詢殯儀館檔案中的記錄時，殯儀館的代表說，在殯儀館的所有日子裡，她從未看到不完整的記錄，也就是馬金遜夫人提供的幾個細節。一份訃告曾出現在1948年1月17日的《紐約時報》上。

艾略特—拉爾夫·納爾遜，已故的瑪麗　F。　艾略特的丈夫，於1948年1月15日去世。葬禮安排在布魯克林的仙童殯儀館，1月17日週六下午1時，私人葬禮。