命監視大陸各國動向，此外還有一個秘密任務，就是尋找當年使他們吃盡苦頭的鍊金大炮，把宿敵的武器化為己用。

為了收集情報，奧斯頓特別成立一支全部由人類孤兒組成的秘密部隊，從小接受諜報和暗殺訓練，經過十年的培養，這支名為“暗刺”的部隊終於獲得成功，每一位成員都忘記了自己人類的身份，甘心為穆帝國賣命。

奧斯頓派出間諜，經過多方打聽，終於得知一位人類富豪購得了鍊金大炮，此人名叫羅西尼·帕特里克，也就是西瓦聯合商會的大老闆，伊莎貝拉的父親。

羅西尼·帕特里克出生於航海世家，自幼有一個夢想，想造出一種全封閉能在海面下航行的戰艦。

他僱用一位名叫納爾斯的鍊金術師，為他設計這種新式戰艦。

但是納爾斯卻有一個無法解決的難題，必須為戰艦尋找一種全新的動力源，不僅能夠支援海底航行，還可以為淡化海水萃取空氣提供無限的能量。

所謂無限的能量，壓根就不可能實現！

除非找到古代斐真王國的遺產，鍊金術歷史上最偉大的發明之一——永動機！

皇天不負有心人，經過多年尋覓，帕特里克終於花費重金購得兩臺永動鍊金爐，一臺叫做冰神，可以吸收宇宙中游歷的水元素能量，一臺叫做大地神，可以吸收土元素能量。

冰神和大地神同時也是兩門威力無窮的大炮，透過鍊金熔爐提供能量，發射元素衝擊波，古代斐真王國就是用這種武器粉碎了穆帝國侵略陸地的野心。

納爾斯用這兩臺永動引擎為核心，創造出兩艘潛水戰艦，可是完工那天他卻突然叛變，殺死了所有同事，試圖奪走兩艘潛艇。

帕特里克的衛隊及時趕到並且阻止了他，但是仍有一艘戰艦被他開進大海，消失的無影無蹤，從此獲得“幽靈船”的兇名。那艘僥倖保留下來的潛艇，就是小海豚號。

在那之後，帕特里克得知納爾斯投靠了海盜王阿爾古斯，並且把關於鍊金大炮的情報賣給穆帝國第七艦隊的指揮官奧斯頓·卡爾松侯爵。

這下麻煩可大了，穆帝國最擔心的事就是人類重新掌握斐真帝國的鍊金軍工，為此他們一定要毀滅與之相關的一切技術。

透過納爾斯之口，奧斯頓得知世上現存的鍊金大炮一共三臺，除了冰神和大地神，還有一臺雷神收藏在某個神秘的小島上。

帕特里克在購買冰神和大地神的時候，也順便購入雷神所在小島的藏寶圖，這份地圖目前掌握在帕特里克的寶貝女兒伊莎貝拉手中。她召集一群身負異能的少年，組建海上龍騎兵，以小海豚號為母艦，正在按圖索驥，尋找雷神的下落。

得知這個訊息以後，奧斯頓心生一計，派出暗刺部隊的頭號殺手飛鳥零潛入西瓦群島，製造機會與伊莎貝拉一行發生接觸，並且順利被他們接納，成為龍騎兵小隊的成員。

按照奧斯頓當初的計劃，飛鳥零在騙取伊莎貝拉的信任以後應該馬上盜竊藏寶圖返回，但是他卻沒料到人心易變，特別是一個孤苦伶仃的女孩受到友情感召的時候，她對使命的態度就不那麼堅定了。

在小海豚號的日子是飛鳥零一生中最幸福的時光，這是一個充滿溫暖的大家庭，每個人都是無話不說的好朋友，上了戰場則是可以放心交付一切的戰友。她喜歡這樣的生活，進而憎惡從前被穆族人視為奴隸的灰暗日子，她不想返回奧斯頓的母艦，但是她又不敢背叛奧斯頓將軍……

在奧斯頓不斷的催促下，她被迫採取折中的手段，複製了一份藏寶圖帶回去，然後請求他賜給自由。

“你是不是想回到小海豚號，回到那群人類少年中去？”

她點頭。

“那麼，你將成為穆帝國的敵人！”

“不，我絕不會與您為敵！”

“事情不像你想的那麼簡單，愚蠢的女孩，宇宙並不是以你為中心運轉！”奧斯頓將軍指著她怒吼：“你做出一個最壞的選擇，我要趁你走向滅亡之前加以挽救！”然後把她關進牢房。

時隔不久，飛鳥零找到機會逃出牢房，在海上漂泊流浪，好似喪家之犬。

她既為從前的殺手生涯感到悔恨，又怕小海豚號的夥伴知道她的背叛行為反目成仇，她飽受心靈的煎熬，甚至失去求生的慾望，一次暴風雨中她的小船覆沒，被亞特蘭蒂斯商會的水手撈起，當成女妖綁在桅杆上，在那之後，她遇到了伊莉莎……

在奧美海戰中她與小海豚號重逢，發覺昔日的夥伴一直在苦苦尋找她，但是她卻沒有勇