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中國檢察官向哲浚向法庭提供了包括中國和美國人在內的13人宣誓證詞。

第一個在法庭作證的，是當時在南京大學醫院工作的美籍醫生羅勃特·威爾遜。威爾遜醫生畢業於普林斯頓大學和哈佛大學，醫術高超，心地善良。在許多中外同事逃離南京避難的時候，他留了下來。

他目擊了日本人在南京的血腥屠殺。從12月13日開始，在六七個星期裡，日本軍隊一直在屠殺中國人。就在他的醫院裡，不斷有被日本兵刺傷、砍傷、燒傷和強姦或者死裡逃生的人被送來，這個擁有180張床位的醫院始終爆滿。

緊接著，3個在“南京大屠殺”中死裡逃生的中國證人出現在法庭上。他們是南京居民尚德義、伍長德和陳福寶。

難民尚德義，在1937年12月16日，和哥哥尚德仁、堂兄尚德全一起被日軍抓獲，在下關與其他1　000人被機關槍掃射，死裡逃生。

商人伍長德作證，他1937年12月15日被侵華日軍從南京難民區抓走，在日軍大屠殺的血腥日子裡，被日軍押送到漢中門。當時有兩千多人，大多是精壯男子，被分批帶到城外，用4挺重機槍掃射。他在槍響之前倒地，但接著又被日軍刺刀亂捅、煤油焚燒，伍長德疼得滾入護城河，僥倖逃脫。伍長德的證詞，使在場的人聽了毛骨悚然。

而難民陳福寶被抓後，日本兵讓他和別的難民摔跤取樂，輸了的就被刺刀捅死。

這些驚心動魄的供詞，給所有在場的人留下了不可磨滅的印象。尚德義、伍長德和陳福寶真實確鑿的血淚控訴，也引起了法官們的極度重視和高度評價。

曾經到南京等地實地調查的美軍上校托馬斯·莫羅檢察官向法庭提供了8件證據確鑿的宣誓證詞，其中包括一份十分珍貴的影像資料。在法庭上，這段影像資料被檢察方面作為物證當庭放映。

這是一部16毫米老式電影攝影機拍攝下來的歷史膠片，也是迄今為止倖存的有關南京大屠殺的珍貴影像資料，畫面記錄的是日軍進入南京的情景。拍攝這些畫面的人，是美國牧師約翰·馬基。在“南京大屠殺”期間，約翰·馬基目睹了侵華日軍燒殺淫掠的血腥場面，他冒著生命危險用攝影機拍攝了長達105分鐘的真實史料。

1938年5月16日的美國《生活》雜誌率先刊登了約翰·馬基由電影膠片衝制的南京大屠殺照片，令世界為之震驚。

1946年10月，約翰·馬基牧師出現在東京法庭的證人席上。

檢察官：“1937年12月到1938年2月你在南京嗎？”

約翰·馬基：“是的。”

檢察官：“日軍1937年12月13日佔領南京之後，證人看到日軍是怎樣對待中國老百姓的？”

約翰·馬基輕輕地聳了一下肩道：“他們用各種各樣的途徑進行屠殺，剛開始是由個別日本士兵進行的，但很快就出現了大規模的屠殺，有數百人是被刺刀捅死的。有個婦女訴說，日本士兵將她的丈夫捆縛後，就在她的眼前被扔到水池裡淹死了，而她什麼也做不了，只能眼睜睜地看著自己的親人死去……”

約翰·馬基神父的作證和他所出示的影片資料讓法庭上的所有人目瞪口呆、驚愕不已。東京的日方記者在他們的報道中一連用了“慘慘慘”三個字形容說：“那一刻，令人戰慄不已。”

此外，還有一個特別的作證檔案，就是納粹德國駐南京大使館發給德國外交部的一封秘密電報。這封電報是德國投降後，盟軍搜查其外交部機密檔案庫時發現的。梅汝璈回憶說，遠東國際軍事法庭的所有法官都非常重視這份電報，並給了它很高的評價，因為它是來自法西斯陣營內部的，比盟國提供的材料更有說服力。

電報在概括地描述了日軍在南京殺人如麻以及強姦、放火、搶劫的普遍情況後，說了這樣的結語：“犯罪的不是這個日本人，或者那個日本人，而是整個的日本皇軍。它是一副正在開動的野獸機器。”

這種屠殺在1937年12月13日日軍攻佔南京後，晝夜不停地持續了六個星期之久。中國法官梅汝璈在以後的回憶錄中提到，遠東國際軍事法庭由於時間倉促，忽略了在南京規模最大的一次集體屠殺。那次大屠殺發生在日本軍隊攻佔南京後的第5天，即1937年12月18日。

那天夜裡，日軍把被圍困在幕府山的男女老幼總共57　400人全部驅趕到南京下關的草鞋峽，用機槍進行密集掃射殺死。事後，為了掩蓋罪行，日軍把汽油澆到屍骨上點燃，