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雖然赤木律子講的好象很多，但總體來說就是那麼些事——很久以前，某個外星天體攜帶著莉莉絲降臨地球，與地球原本就存在的亞當發生接觸，爆發了第一次衝擊，碎片上升太空形成了月球，融合的兩者誕生出生命之樹與十八使徒，只不過因為生命之樹本身孕育的果實的數量有限，最後只有早出生的那幾位率先吃到了生命之果，最後的使徒（李林）只能吃剩下的智慧之果。

但既然叫做智慧之果，那麼力量上自然和生命之果有所不同，所以最後的使徒李林因為力量不足的關係無法再維持住at力場保有住現有的型體，分散成了‘群’，形成了星球上的霸主——人類。

而完成了孕育使命的生命之樹也因為精華的耗盡，迅速枯萎，只留下一截殘枝形成了擁有讓所有使徒力量回歸如初的朗基奴斯長槍。

然後消耗掉了一定力量的亞當和莉莉絲開始沉睡，任由新誕生的人類茫然的生活在那片蠻荒的世界上……直到1947年，一些吉普賽人偶然在約`旦溪谷的洞窟中發現了死海文書，這才算是解開自身的誕生之迷。但也在同時，讓人類知道了一個可怕的事實，那就是當某個時間到來時，亞當所生的使徒會迴歸‘白之月’，莉莉絲所生的使徒會迴歸‘黑之月’，重新生長出生命之樹併產生新形態的生命體。

這也是亞當為什麼會被稱為第一使徒，莉莉絲被稱為第二使徒的原因。

而其中若亞當的使徒率先回歸，將引發撞擊。作為代價，另一方的後代將獲得死亡！反之若是另一方迴歸莉莉絲，也會成為新生命形態。儘管最後的結果也是死，但靈魂將得到拯救。因此在這個約定時刻到來之前，人類要想順利完成迴歸。就必須在此之前消滅全部的使徒。

這才是人類必須要和使徒戰鬥的根本原因，為了活下去！

只不過在這過程中，一群宗`教瘋子卻想要連最後一步也要進行下去，讓全部的人類融合成一體，形成新的生命體——全靈，亦或者神。永恆的在宇宙中存活下去，用以來證明人類曾經存在過的痕跡，由此透過有著共同願望的人建立了極機密組織seele，並制定出了所謂的‘人類補完計劃’。

然而想要完好、順利的實行‘人類補完計劃’，那麼作為第一使徒的亞當就必須要控制在自己的手裡才行！所以為了這一目的。seele開始在全世界招收有才華的科學家。eva計劃的重要參與者及設計人之一的碇唯，明日香的母親、冬月副司令便是這個時候加入seele的。

同理的還有葛城美里的父親，赤木律子的母親等，只不過所負責的專案並不相同罷了。

而其中葛城美里的父親，理論推倒出了s2機關存在形式的葛城博士所負責的就是亞當的胚胎化迴歸的內容。當然，是被隱藏和閹割過的版本，也因此，他才會稀裡糊塗的將自家的女兒帶到南極。並因為不知情的原因傻傻的引發了第二次衝擊，葬身南極。

反到是同樣知道這一計劃，且還知道的很詳細的碇元渡率先帶著資料跑路了。直到第二次衝擊過後，才重新以救援人員的身份返回南極，救下了被葛城博士拼死救下的葛城美里。

而這之後，亞當因為釋放完體內積累的全部力量回歸成了胚胎，被碇元渡收回。莉莉絲的身體被炸成了碎塊，也被碇元渡和seele的人帶走。只剩下朗基奴斯槍因為某些原因被滯留在了南極深海當中。

與此同時，除了亞當、莉莉絲外的全部使徒正式開始甦醒。存有亞當靈魂的諸燻誕生。並被seele找到。初號機被製造完成，碇唯以犧牲自己的方式把靈魂融進了利用莉莉絲的肉`體複製出的初號機中。在想利用初號機的重要性阻止第三次衝擊誕生的同時，作為eva永生下去，向宇宙的其他文明或未來生物證明人類曾經存在過的痕跡。

同時也因此，碇元渡制定出了人類補完計劃二號，為再見碇唯一次而努力中……

用亞當的血肉製造的其他號數的eva被提上計劃，開始製造。為此，明日香的母親成了第二位犧牲者，被二號機吞噬了一半的靈魂，發瘋。

利用莉莉絲的血肉精華混合碇唯殘留的lcl物質中提取的資訊程式碼的零波麗被製造成功，並透過早期的系統將莉莉絲的靈魂轉移到了零波麗的體內。

當然，這裡的零波麗是複數的。畢竟使徒的靈魂何等強大？可不是區區一具普通人的身體就能承受的。至於現在嘛，則因為初號機的漸漸覺醒——暴走，以及零波麗本身的人格誕