時期倍感孤獨與痛苦。怎麼會這樣呢？對大清國而言，中法戰爭不敗而敗已是令人無法接受，中日甲午之戰更是令人傷心失望，大清國遭受的教訓還不深刻嗎？現在朝野上下不是都在勵精圖治嗎？從鐵路建設方面，他就能明顯感覺到國家的漸漸覺醒。甲午戰後，不僅關內外鐵路修築提上日程，中原和南方各省都提出了各自的鐵路修築計劃，上海成立了中國鐵路總公司，加強了對全國鐵路修築事務的協調，詹天佑對這些情況都非常瞭解，鐵路通了，全國物通人通財通，何愁民不富國不強呢？

1900年6月一個不幸的訊息傳來，義和團進入北京，引起西方各國駐華使館的恐慌，德國公使克林德公然射殺義和團的團員，激起義和團和清朝政府內一些仇視洋人的官員的憤怒，義和團在北京到處焚燒教堂和攻殺教民，暴發了著名的義和團運動。情況越來越糟，俄國趁機加緊了在東北的活動，8月又傳來八國聯軍進入北京、慈禧與光緒帝帶著皇親國戚逃離京城往西安去的訊息，國家出現如此大的變故，這是詹天佑萬萬沒有想到的，更令他痛心的是，在他的眼皮底下，俄軍以保護僑民等名義佔領了山海關以北的所有鐵路線，並佔據了山海關鐵路官學堂，山海關以南則為英軍佔領。

詹天佑駐守的營口支線，當時在俄軍的控制之下，最初俄軍還只是以維持秩序之名駐守鐵路沿線，但後來情勢越來越惡化，8月上旬，有３個俄國遠東哥薩克鐵道兵連沿東清鐵路（今哈大線）向旅順方向進攻，沿途一路炮擊了孫吳、牡丹江、吉林等地，抵達遼東半島的營口、金州一帶，與北上的旅順口俄軍會合，這是俄國裝甲列車第一次出國作戰。可是，詹天佑卻看不到清軍的大規模活動，最後營口被俄軍實際佔領。令人沮喪的訊息一個接一個來了，1900年11月，俄國脅迫奉天將軍增祺簽訂了《奉天交地暫且章程》，把俄軍的佔領合法化，承認了俄在中國東北的金礦、煤礦和森林資源的開發權益。詹天佑甚至曾一度懷疑自己此時是在為大清國服務還是在為俄國做事。

作為鐵路工程師的詹天佑承受著內心極大的痛苦，他甚至想放棄在鐵路上的工作，但他轉念一想，這是自己的祖國，英俄軍隊的佔領肯定不會長久，現在局勢並不明朗，自己這樣離開的話，佔領者可能會更加猖狂得意，那關內外鐵路的損失將無法設想。正當他堅守在營口支線鐵路工地的時候，1901年初，他接到了南方盛宣懷的來電，調他前往江西萍鄉，負責主持修築萍醴鐵路。

盛宣懷何許人也？出生於江蘇常州府武進縣龍溪的一個官僚地主家庭，曾應童試，補縣學生。其父親盛康是清朝的官員，與李鴻章有交情。盛有兄弟六人，各有出路，他是六兄弟之長。由於父親的關係，1870年（同治9年）盛被李鴻章招入其幕府，受到李的賞識，第二年就已升到知府的官級。曾任山東登萊青兵備道道臺兼東海關監督、直隸津海關道兼直隸津海關監督，在煙臺資經營客貨海運，航運範圍不僅擴大到山東整個沿海，而且還開闢了煙臺至旅順的航線，在煙臺設立膠東第一廣仁堂慈善機構。1896年，清政府成立中國鐵路總公司時，盛宣懷被李鴻章等人推舉為督辦。後來又受到已調任湖廣總督的張之洞的重用，接辦漢陽鐵廠、大冶鐵礦。

萍醴鐵路的修築主要是因為當時江西萍鄉發現大型優質煤礦，這正是漢陽鐵廠需要的燃料，為了方便運煤，盛宣懷委託美國人李治勘測了江西萍鄉到湖南醴陵雙江口的鐵路線路，並聘請他擔任工程師，稱之為萍醴鐵路。這條鐵路的功能是從萍鄉把開採的煤透過鐵路運到洞庭湖上的雙江口，再透過水路運到漢陽。1899年盛宣懷向朝廷奏準開建萍醴鐵路，但是，開工後不久，北方的義和團運動已經開始波及全國。南方各省雖然在張之洞、劉坤一等封疆大吏的溝通下提出“東南互保”的策略，沒有引起大的波動，然而，當1900年北方義和團運動全面暴發時，南方民眾反對西方人的傾向越來越明顯，反映在鐵路領域尤為明顯，因為當時中國的鐵路工程師特別少，各地多用洋工程師，修鐵路涉及到勘測、徵地、遷墳等老百姓十分敏感的事情，老百姓往往將修鐵路給大家帶來的困惑遷怒於這些西方人，這引起了那些洋工程師和洋務官員們的擔心。正是在這樣的情況下，盛宣懷了解到詹天佑任幫辦和駐段工程師的關內外鐵路被英俄軍隊分段佔領，已無法展修，故請他來萍醴鐵路與李治一起主持鐵路修築事宜，有兩個目的，一是派一箇中國懂行的工程師與李治在一起，讓他安心一些，不要過度擔心民眾的排洋會給他帶來麻煩，二是真是老百姓要反對洋工程師的話，詹天佑畢竟是