衷聖戰的兒子們推向了最前線。

1988年4月，在蘇聯侵略阿富汗九年零四個月後，來自阿富汗、蘇聯、美國和巴基斯坦的代表們簽訂了一份協議，要求蘇聯從阿富汗撤軍，阿富汗和巴基斯坦同意不再幹涉兩國政治軍事事務，美國同意結束對阿富汗反蘇組織的支援。

奧薩瑪的顧問阿卜杜拉·阿扎姆提出建立一個廣泛的基地，在那裡信徒們可以為建立一個完美的*世界而奮鬥。奧薩瑪完全同意這一提議，他召開會議，將該組織命名為軍事基地，日後簡稱為基地。1988年8月，第一屆會議在奧薩瑪白沙瓦的家中召開。

基地組織的成立者們宣佈該組織將發起全球性的運動，設有一個*分支與一個軍事分支，以暴力及非暴力方式支援*教。他們的目標包括是使穆斯林世界擺脫西方影響，推翻君主政體和世俗政府，以及使*教成為世界上唯一的宗教。隨著阿富汗戰爭的結束，奧薩瑪有了更多時間投身於實現基地組織的目標中。

奧薩瑪成為*運動的領軍人物後，他的追隨者之間出現了矛盾。最明顯的是阿卜杜拉·阿扎姆和艾曼·阿爾扎瓦希裡之間，為了得到奧薩瑪的資金和其他方面的支援，兩人你爭我奪。阿卜杜拉·阿扎姆不贊成對其他穆斯林採取暴力手段，艾曼·阿爾扎瓦希裡卻沒有這樣的顧慮。漸漸地，這兩人的矛盾不斷升級，基地組織運動也受到了影響。

1989年2月15日，最後一名蘇聯士兵從阿富汗撤退，奧薩瑪和他的同伴聲稱這是個偉大的勝利。不幸的是，情況並沒有因為