此本多父子獨掌幕府權柄。

秀忠親政後，重用親信土井利勝、酒井忠世等人，刻意打壓本多正純的勢力（正信已先過世）。元和七年（1622年），秀忠前往東照宮參拜家康的靈位，回來時原計劃留宿正純的封地宇都宮，但是其姐龜姬揭發說正純在所安排的將軍臥室天井上佈置了刺客（其實或許是保護將軍安全的忍者），於是秀忠臨時改變計劃，並立刻派人詰問正純，不久後更將其流放。一般認為龜姬是憤恨本多正純奪取了自己的領地（宇都宮原為龜姬的丈夫奧平家昌的封地，家昌死後遭到改易，正純入居），所以造謠誣告。但此誣告漏洞百出，如果將軍秀忠秉公而斷的話，正純是根本不可能獲罪的。

秀忠的第二大功績，乃是繼承老爹的政策，繼續打壓外樣大名。那個在關原合戰中起過重要作用的福島正則，因為私自修城被秀忠抓到把柄，於元和五年（1619年）遭到改易，此外，最上義俊、蒲生忠鄉、田中吉政等人也都先後失去了領土。秀忠把三個最年幼的兄弟——德川義直、賴宣和賴房——分別分封到常陸水戶、尾張和紀伊和歌山，稱為御三家，作為幕府的屏障。他定下規矩，只有幕府本家和御三家才准許使用德川的苗字，其餘近親全部恢復松平舊氏，而一旦幕府將軍絕嗣，則由御三家的後裔入繼為一門總領。

秀忠的又一功績，乃是進一步控制朝廷。元和五年（