萬曆十三年（1585）正月，四川建武發生兵變，總兵沈思學被擊傷之。萬曆皇帝親自指導這次叛亂，經過長達五個月時間，最終平叛此次作亂，建武所亂卒皆被誅殺，在這中間，南京地震，京師自去年八月開始，便一直不曾下雨。到了十三年四月，萬曆皇帝見老天大旱，這便下詔全國進行一次反查冤獄案，接著在老祖宗朱元璋老家安徽鳳陽，釋放了一些輕罪之犯。四月二十四日，又親率諸王大臣步行至南郊（天壇），看來他很會鍛鍊身體，為何卻最後死於疾病纏身？還是問他自己吧；

萬曆皇帝在褚大臣的簇擁下，深深三拜，祈求上蒼顯靈，下點雨吧；拜畢，他便起身面諭褚臣自責道：“這老天大旱雖是朕德有缺失，然天下官員皆有貪婪，剝削加害於百姓，為此，致使上天降罪，不佑與我大明也，你等聽好了，今後選用官員務必慎重仔細。褚臣群呼一聲：“皇上英明。萬曆皇帝繼續說道：“自即日起，罷黜全國受災良田租稅，至於何時收稅，待上蒼降雨之後再議，褚臣又齊呼一聲。

不知是不是萬曆皇帝的三拜感動了上蒼，就在他拜完一月後，天空忽然烏雲密佈，不時就見雷鳴閃電，繼而細雨濛濛落滿大地，於是上至天子，下至黎民，皆歡呼不已，興奮不止。這雨是下了，萬曆皇帝也高興了，可過了一月，四川松潘衛（今阿壩州一帶）少數民族又叛亂了，萬曆皇帝又親自指揮戰鬥，沒過一月便解決了叛亂。

萬曆十七年（1589）正月，亂子又來了，太湖、松江府（今上海一帶），叛賊劉汝國等燒殺擄掠，四處作亂，萬曆皇帝令安慶指揮使陳越前往討伐，可誰知這陳越毫無戰鬥力，遂致官兵大敗，後陳越竟被斬首於陣中。萬曆皇帝聞知大怒，繼而又令吳淞指揮使陳懋功前往討賊。陳懋功不負眾望，經過一番縝密計劃，最終將叛賊一網打盡，誅滅之。

萬曆二十年（1592）三月，寧夏副總兵啺菥莩竊旆矗瑔拜乃韃靼人士，嘉靖中期因得罪其部落首領，父親兄弟皆被殺害，啺葜簧硤油觶�唇蕩竺鰲６礁�醭綣牛�����滏纈律普劍�笥致帕⒐ρ��熳啾�尉富實郟�潭�俜飧弊鼙��

或許是這輩子殺人如麻，又或許是上輩子欠了不少債，這啺萆�爍齠�映卸鰨�尤懷ち艘桓崩塹納硇危�鄖楸╈澹�菟刀�映鏨�蓖恚�獻訂拜做了個怪夢，夢見有一妖物鑽入妻子體內，大施妖威，迫使妻子生了個怪胎（估計是早產）。

後啺萁ダ希�熳嗲臚蚶�實郟��粑淮�詼�映卸鰲Ｍ蚶��四輳�1590），洮、河二州遭青海部落首領火落赤、真相侵犯，有御史周宏彈劾承恩與指揮土文秀，以及啺菀遄訂雲等人坐山觀虎鬥，對火落赤的侵略視若無睹。。隨後萬曆皇帝便令黨馨巡撫寧夏，黨馨到得寧夏後，這便寫下征討書，遂令土文秀領兵西援。

就在此時，啺菁�恥岸運�缸尤�聳傭�患��燁娜話萁呔�允怪Ｂ澹�硎咀約翰⑽創估希�箍勺髡劍�贛胱鈾媧映鍪ΑＶＢ逄�螅�⑽匏���潭�鷯α慫�那肭蟆：蟮恥把岫衿涿�熳約觶�於運�缸硬患佑押茫�橢�員牽��擻雴拜結了心怨。

出師後隊伍行至金城（蘭州），大軍迫使火落赤後退，隊伍回撤時，遇蒙古騎兵竟皆奔至僻靜處，黨馨見其有護蒙古之心，遂曾幾次數落啺藎�致鄢卸鞫��鈄鎰矗��笥鍾型廖男恪�雲以啺菸�剩�簿�Ｂ裨溝恥啊�

萬曆二十年（1592）三月，啺菟羰咕�星胺媼醵珪D、許朝作亂。幾人經過縝密計劃，遂殺巡撫黨馨及副使石繼芳，逼迫總兵官張維忠自縊。喸啤⑼廖男閔庇位髁虹��乇嘎沓洩狻＝幼牛�醵珪D自稱總兵，奉啺葜髂保�卸鰲⑿沓�魑�蟆⒂腋弊鼙�瑔雲、土文秀為左、右參將。緊接著，承恩一路高歌猛進。攻陷玉泉營、中衛、廣武、又取河西四十七堡。後又渡過黃河，誘使河套著力兔、宰僧侵犯平虜、花馬池，於是全陝皆震動。

京師，當啺菰旆吹南�⒋�酵蚶�實鄣畝���餛餃綻鍶�還艿幕實郟�絲桃泊笪��媯�吲��攏�獗閼偌�詬蟠蟪跡�燙制頻兄�摺Ｓ心詬笸蹺�嫋�鮃蝗耍�巳嗣�形貉г��治┕幔�攣縻�羧耍�尉溉���杲�浚�庵�霸�文暇┗Р可惺椋�籩率斯榧搖Ｍ蚶��四輳�1590），火落赤、真相犯洮河，副總兵李奎、李聯芳先後被殺，朝廷命尚書鄭洛經略七鎮，兼領總督，誰料鄭洛堅決不兼總督之職。十九年春，在大學士王錫爵的推薦下，萬曆皇帝啟用學曾，遂令其總督陝西、延安、寧夏、甘肅軍務。學曾奉命到得駐地，因鄭洛專政跋扈，遂與其不合，後兵部尚書石星見二人不謀，隨後以宣府、大同軍