時也讓他出出主意。

在同福克司這樣的青年時代的朋友的通訊中，達爾文很愉快地回憶起他們很久以前一起散步或參觀的情形。他有時也不忘記以感激的心情指出，他多麼感激這些朋友，不忘記強調指出，他們對他特別明顯地表現出來的友好關係，在給他的老同事和前“貝格爾”號艦長菲茨·羅伊的信中，我們發現下述幾行熱忱的話：“您好，親愛的菲茨·羅伊，我時常想到您對我表示關心的許多事實，使我常常想到的是這麼件事（無疑，您把它忘記了）：在我們駛向馬德拉群島以前，您來到我的艙房，並且親手整理了我的吊床，後來我得悉，這件事使我父親感動得熱淚盈眶”。

在同虎克和賴爾的通訊中，主要談的是他們自己的著作，著作進展情況（他們時常交換清樣並相互檢查）的訊息和在刊物上發表著作後對著作的討論情況。在評價自己朋友的著作時，達爾文竭力稱讚。但是，他不改變自己對科學的誠實態度，如果他不同意自己通訊人某些論點，就提出不同意見，經常堅持自己的意見。對自然科學上的各種爭論問題也可以這樣說。例如，虎克斷言，孕婦的感受看來會影響她的嬰兒。一般來說，當時這個相當流行的意見（例如，達爾文的祖父伊拉司馬斯就支援這個意見）受到達爾文嚴厲的駁斥。他在致虎克的信中說：“我仔細地研究了有關這個問題的零散事實，但我認為，這裡無非是些偶然的巧合。亨特在產房裡告訴我父親，他曾在很多情況下，在產婦分娩前，問她們什麼使她們產生了強烈的感受，而後把她們的回答記下來。他絕對一次也沒有發現有什麼正確的東西，即使產婦在嬰兒身上發覺某種特別的東西，但後來也就認為這是由於某種感受所致”。

達爾文對他的朋友們的命運的各種變化都給予莫大的關心。例如，在虎克被提為愛丁堡大學教授候選人時，達爾文雖然表示惋惜，因為他們再不能經常見面了，但他在給虎克的一封信中展示了廣闊的前程：虎克在愛丁堡將“造就”很好的植物學家，將成為受年輕學者特別敬仰的朋友和指導者，即成為對達爾文字人來說就是漢斯羅當時在劍橋時那樣的人。他認為，在這種教育工作方面，虎克在科學上的事業不會遇到困難，達爾文一定會看到虎克將在“植物地理分佈這非常宏偉、幾乎是創造規律的主要基石的課題方面，成為歐洲首屈一指的權威”。但是，虎克沒有當選為教授，他不久便成為他父親基由植物園的助手，父親死後，他便代替他父親管理植物園。

達爾文得知虎克決定去參加著名的考察喜馬拉雅山脈（虎克於一八四七年十一月十一日啟程））後，極為關注此事。他勸虎克研究印度的煤炭區，這會成為取得英國政府的“實利主義首腦人物們”大筆政府津貼的藉口。他自己想委託虎克蒐集關於馴化的動物種族的資料。在虎克獻給達爾文的《喜馬拉雅山日記》出版後（已經是一八五四年了），達爾文非常激動，並給虎克寫了一封熱情的信，答謝他的獻禮，對他的書大加讚揚，並稱它是“第一流”的書。

一八四五年，達爾文修改後的《考察日記》第二版以穆瑞的普及本形式出版了。達爾文為他修改了《日記》，刪掉了各種累贅的東西，把“關於氣候，冰川等冗長的論述”壓縮了一半。

另一方面，由於在這期間出版了他在“貝格爾”號旅行時寫的生物著作和地質著作，因此很自然就對日記中相應地方作了一些增加，並使之更加準確。例如，在第二版中，增加了對珊瑚礁起源理論的闡述，奧溫整理的關於南美古生哺乳動物形態資料更加準確了，巴塔哥尼亞高地的地質更加準確了，補充了關於火地島人的某些內容，增補了關於按幾何級數增長的論斷，根據已經發現的絕滅的哺乳動物的屍體，對動物絕滅原因的論斷也增補進去了。

他在這裡反對用一種突然的災禍來解釋動物毀滅的“災變說”。他認為，正象在人類消滅任何一種動物時，這種動物在沒有完全消失前就愈來愈少一樣，自然界中的一個物種逐漸地絕滅，可能也是由於它們的天敵在增加。一些物種經常見到，而另一些物種卻很少見到，對此誰也不會驚奇。那麼為什麼不能設想，很少見到的某種動物就總是預示著這種動物要完全絕滅呢？達爾文的論述是用下面有代表性的話結束的：“假定說，一個物種的逐漸減少總是預示著它的絕滅，同時對於一個物種比其它物種很少見到也不感到驚奇，而仍然用某種超自然的東西來解釋這一點，並在一個物種最終不再存生時才感到驚訝，在我看來，也就是這樣一種假定：一個人的病預示著他的死亡，對病本身毫不感到驚奇，可是病人一死，才開始困惑不解