軍司令部不僅完善了海軍第一艦隊的建設，對空軍的建設也進行了系統的改革。空軍司令部下設三個飛行師，第一飛行師負責南京中央及東部沿海地區的防空，第二飛行師負責北方地區的防空，第三飛行師則負責南方地區的防空任務。西部地區因為沒有空中威脅，暫時不駐紮空軍。

每個飛行師下設三個飛行團，每個飛行團下設三個飛行大隊，每個大隊有三個中隊，每個中隊下分三個支隊共約三十架飛機。每次執行任務都會視任務的不同派出不同數量的飛機，每個飛行大隊約九十架飛機駐紮一個機場，不過也可能根據作戰任務的需要，在一個主力機場集中多達二百多架一個飛行團的全部飛機，執行大型的軍事任務。

這都是和平時期的編制，而且三個空軍師滿額配置就需二千餘架飛機。目前的空飛機數量顯然達不到這個程度，而在戰時，這個飛機的數量和結構比例可能隨時因為需要而做出調整，並非一成不變。

此外，海軍下轄的航空兵不歸屬空軍，海軍下轄的陸戰隊也不歸屬於陸軍。空軍還下轄雷達團，空降傘兵，運輸補給等兵種，也不歸屬其他兵種。不過在戰時，乃至在當前的訓練中，三軍已經加強聯合的意識和針對性。

全軍整編幾乎沒有遇到太大的障礙，雖然無論是張學良，還是閻錫山，以及新桂系的李宗仁等在嫡系軍中具有很強的影響力，但�