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在日本入侵以前，大約二十年中，東印度群島已經有了民族主義運動。這個運動謀求把當地信仰伊斯蘭教、印度教和基督教的居民團結在擺脫荷蘭統治、爭取政治獨立的共同綱領之下。1932年至1934年間，荷屬東印度群島政府進行報復，逮捕了主要領導人蘇加諾、穆罕默德·哈達和蘇丹·沙里爾，把他們流放到新幾內亞。

1937年，在埃米爾·沙裡富丁的領導下，民族主義運動再次興起。埃米爾·沙裡富丁建議，如果發生戰爭，願同荷蘭合作以反抗月本，但要求建立一支印度尼西亞軍隊並允許印度尼西亞獨立，以此作為交換條件。但是荷蘭人不答應。當時還有一個印度尼西亞共產主義運動，是由陳·馬六甲和塞毛恩組織的。該黨的一些領導人被放逐了，共產黨也遭到取締；但是在1941年，共產黨仍在地下活動。

在日本人征服東印度群島時，他們釋放了被關押的民族主義運動領導人，並把他們送回爪哇。蘇加諾和哈達屬於願意同日本人合作和至少在口頭上擁護大東亞理想的那種人。但是，沙里爾和埃米爾·沙裡富丁不願意幫日本人的忙。他們和他們的追隨者，不是積極地反抗日本人，至少也是避而遠之。共產黨人也在繼續反抗。

起初，蘇加諾和哈達似乎相信，為了報答民族主義者的合作，日本人會願意給他們某種程度的真正獨立。但是，他們不久就大失所望了。日本軍事當局很願意利用他們來煽動人民的反西方情緒，但是強烈反對把東印度群島統一為一個印度尼西亞國家的任何想法，同時他們禁止懸掛印度尼西亞國旗和唱印度尼西亞國歌。違反命令者就要遭到憲兵隊的毒手。實際上，1942年到1943年間，日本的政策主要是分而治之。日本人鼓勵印尼人的民族主義來反對非印尼人的少數民族，而同時他們又贊助泛伊斯蘭運動，企圖面面俱到，八面玲瓏，透過泛伊斯蘭運動來破壞印度尼西亞統一的主張。他們也討好信仰印度教和基督教的居民。雖然他們經常許諾要以政治上的讓步來報答真誠的合作，但他們對於可能在他們主持下建立的印度尼西亞國的領土範圍問題，卻故意不表態。

1943年春，在東京討論了東印度群島的政治前途問題。東條和重光顯然贊同最後給東印度群島獨立，但大本營堅決反對。當時在東印度群島的地區陸軍和海軍當局也持反對態度。除了以日本戰略上和經濟上的利益會受到損害為理由而反對外，他們還認為，如果日本公開答應東印度群島獨立，日本將不再擁有行動自由，並會在任何和平談判中處於一種困難地位。這種想法的思路是這樣的：如果日本象料想的那樣能夠長期抵禦住敵人的反攻，從而迫使對方考慮一個妥協的和平，那末它就需要留有餘地來討價還價；如果它在這以前就答應了所有的佔領地區獨立，那它事先就喪失了這種討價還價的條件了。

這些反對意見取得了勝利，在1943年5　月31日的御前會議批准了一項決定，把東印度群島作為日本的領土，但允許其居民根據能力大小，在政府機構中有一些發言權。於是，1943年6　月15日，東條在日本國會發表的講話中宣佈：鑑於印尼人與日本合作良好，日本政府打算逐步採取措施，允許他們在適合其能力的範圍內，參加他們自己政府的工作；他並表示，這件事很快就會在爪哇實現。不久，東條親自訪問了巴達維亞。

起初，日本人曾取消了由部分指定、部分民選的議員組成的眾議院。這個眾議院是1916年根據荷蘭政府的法令成立的；議員人數及其職權在1925年有所擴大。日本人還廢除了所有的地方代議制機構。1943年8　月1　日，日軍在爪哇的司令官原田熊吉中將宣佈：將在爪哇建立一些地方議會，還要建立一箇中央溶詢議會；印尼人將在各行政機構中佔有更多的職位；將來還要對他們作進一步的這類讓步，如果他們與日本人合作有功而應該獲得這些好處的活。按照這個命令，在各行政區和雅加達建立了部分由選舉產生的地方議會，地方議會派十八名議員參加中央議會；中央議會除這十八名議員外，另包括由日本軍政監部提名的二十三名議員和由印度尼西亞各素丹提名的十二名議員。地方和中央議會的職責限於就當局願意向它們提出的一些問題作出建議。日本人還委派了一名印尼人為宗教事務部的負責人，兩名印尼人為行政區長官，並允許一些印尼人在軍政監部的若干部門裡當顧問。爪哇中央譜詢議會第一次會議在1943年10月中旬召開。東條