和議會下院的支援下，範穆克在1946年5　月初回到巴達維亞。雖然三位共和派代表對荷蘭的253　訪問似乎沒有什麼結果，但是範穆克仍能在5　月19日向沙里爾提出新的建議。

新的建議明確地在事實上承認共和國是印尼聯邦的一部分，但這種承認只給予爪哇的不在盟國控制下的那些地區。新的建議還堅持了荷蘭的主張，即印尼必須仍舊在女王的統治之下，作為王國的一部分。

這樣的建議仍然不能為印度尼西亞人所接受；於是在6　月17日，沙里爾向範穆克提出了另一套辦法，提議商談一項條約，規定荷蘭在事實上承認共和國管轄爪哇、馬都拉和蘇門答臘：荷蘭在“印度尼西亞自由邦”的建立過程中保證合作；自由邦將和荷蘭結成聯盟；停止敵對行動，並保持現有的軍事陣地：外省的代表參加談判；那些不願意參加自由邦的地區，與荷蘭和自由邦建立特殊關係；在三年內舉行公民投票，以決定這種特殊關係的條件。沙里爾的建議將取消荷蘭的統治權，使印度尼西亞成為一個完全獨立的國家，儘管印尼同荷蘭結成聯盟；這些建議遠遠超過了荷蘭當時所準備作出的讓步。蘇加諾總統發表了廣播演說，號召人民自己動員起來反對荷蘭，但並沒有使形勢緩和，而當時中國政府為印度尼西亞人在萬丹地區對中國僑民發動襲擊而提出的抗議，又使問題進一步複雜化。在上述事件中，六百名華人被殺害，成千上萬的華人無家可歸。

由於印度尼西亞國內和荷蘭國內都發生混亂，談判推遲下去。在印度尼西亞，由老革命家陳·馬六甲領導的共產黨人在6　月29日發動政變；沙里爾被綁架，接著是一場大混亂。但是蘇加諾重新掌握了行政控制權，宣佈國家處於緊急狀態，發動政變的首領都被抓了起來，沙里爾獲澤。與此同時，在荷蘭正在舉行普選；從5　月21日內閣辭職之日起，到7　月2　日新的天主教—工黨聯合內閣組成，這一段時間內，印尼局勢的解決不可能有任何進展。天主教黨有強有力的代表權的一個荷蘭政府的組成，並沒有使荷蘭對印尼的政策立即發生改變，雖然它對以後的發展有一定的影響。

範穆克現在受權執行1946年2　月10日的計劃。雖然荷蘭人在共和國所控制的那些地區無法進行活動，但在254　群島的大部分地區，執行他們的政策沒有遇到阻礙。

現在有相當數量的荷蘭部隊已到達印度尼西亞，在爪哇、蘇門答臘和馬都拉以外的地區負起了軍事責任，沒有遇到多少抵抗；但在這三個島上，則僅據有橋頭堡，並在這些島嶼的每島周圍經常發生敵對行動。由於荷蘭軍隊的到來，英國軍隊於5月份開始撤退；到7　月13日，在除了爪哇、蘇門答臘和廖內以外的所有地區，荷蘭軍隊和荷蘭殖民軍已取代了英國軍隊；在爪哇，幾乎每天出現同共和國游擊隊的零星衝突，英國軍隊早已把泗水、三寶壟和萬隆移交給荷蘭了。撤離拘留者的工作也取得了很大進展；根據同印度尼西亞共和國的協商，在爪哇中部的日本投降人員已置於盟軍的控制之下。除爪哇、馬都拉和蘇門答臘之外，荷蘭正在有效地行使著權力，範穆克並能在7　月16日在望加錫附近的馬利諾召開一個大會，由來自婆羅洲、西里伯斯、摩鹿加群島、小巽他群島、邦加、勿裡洞和廖內等地的代表參加。爪哇和蘇門答臘被排除在被邀請名單之外，理由是那些島上的局勢使人們不可能自由地表達他們的意願。另一方面，共和派人士則認為，那些參加會議的代表只不過是荷蘭的傀儡，範穆克這次行動的幕後意圖是要建立一個敵對組織，以便使人看來印度尼西亞共和國不是印度尼西亞民族主義唯一的代表。雖然參加馬利諾會議的成員是由地方委員會或議會挑選產生的，但看來荷蘭當局確實對候選人行使了某種形式的否決權。

馬利諾會議主張建立一個聯邦國家，取名為“印度尼西亞合眾國”，由四個成員國組成，即爪哇，蘇門答臘（顯然包括邦加、勿裡洞和廖內）、婆羅洲和大東（即西里伯斯、摩鹿加群島和小巽他群島）。印度尼西亞合眾國“為建立政府機構，還需要有一段同荷蘭王國合作的時期，如果沒有這樣一個階段，印度尼西亞合眾國就不可能就荷蘭和印尼未來的關係應在什麼基礎上繼續發展這一問題作出一個自由和獨立的決議。”同時，“荷蘭和印度尼西亞合眾國間還需要有持久的、自願的合作。”會議並同意婆羅洲和大東的代表應該參加將來同共和國政府進行的任何談判。

婆羅洲、大東、邦加、勿裡洞和廖內將成立一個總政府委員會，準備憲法改革的措施。這些建議後來於1946年10月1　日