遠東委員會還建議，新憲法應與舊憲法有法律上的連貫性，新憲法應在能表達日本人民自由意志的情況下透過。麥克阿瑟在1946　年6　月21　日（即國會召開第九十次會議的第二天）發表的公開宣告中，引用了這些準則，隻字未提遠東委員會；麥克阿瑟說，這些準則已被認真執行。他注意到了天皇要求修改舊憲法是與新憲法應是舊憲法的繼續這一法律上的要求相一致的。他爭辯說，4　月份的大選是在憲法草案公佈後舉行的，所以當選的人就有責任按照憲法行事。最後他堅持說，考慮修改憲法是過去八個月來政治上的頭等大事。然而遠東委員會的許多成員都認為他們的政策只是部分地得到了貫徹。

正式考慮新憲法草案是在1946　年6　月25　日吉田首相把它提交給眾議院時開始的。從6　月30　日到7　月9　日的十天中，他和國務大臣金森德次郎回答眾議院特別委員會提出的問題。這些問題集中在新的主權範圍和天皇的地位這兩點上。同時，1946　年7　月2　日，遠東委員會同意了指導新憲法的基本原則。①其中許多原則在草案中都已寫清楚了，例如改革天皇制度，在成年人普選的基礎上產生代議制政府，立法機關擁有全部立法權，皇室財產國有化，保證公民的基本權利等。遠東委員會決議中　兩個具體問題尚未被採納。

這兩個問題是：內閣的過半數閣員必須是國會議員，內閣的所有閣員必須是文職官員。遠東委員會的一些成員感到必須制訂更為明確的條款，以滿足他們的另一要求，就是參議院應從屬於眾議院。遠東委員會認為這些要求對於確保日本的內閣責任制很重要，所以，即使這樣做可能要求盟軍最高統帥部直接干涉國會的審議活動，遠東委員會還是繼續堅持新憲法草案應包括所有這些基本原則。第一條建議，即內閣過半數閣員應是國會議員，於8　月列入了憲法草案修正案。而且，參議院議員醞釀憲法草案時，又作了進一步的修改，規定內閣全體閣員都應是文職官員，眾議院應高於參議院。

參議院的各項修正案都在1946　年10　月7　日得到了批准，但遠東委員會還沒有采取最後行動。委員會中的美國代表團感到自己處境困難。美國必須避免對作為一個整體的遠東委員會所擬定的憲法直接表決，因為投反對票會使盟軍最高統帥部和日本政府都處於窘境。另一方面，每當美國代表團表示不願意討論憲法草案的細目或者在開會時流露出沒有必要正式批准時，遠東委員會的許多成員就催著採取正式行動，並責備美國阻撓遠東委員會行使其正當職權。大選早已在1946　年4　月份舉行，這一事實也再三遭到批評。事實上，憲法由國會批准，是否確實做到了“日本人民自由表示之意志”（如波茨坦公告所要求的那樣），對於這一點，人們認為是有疑問的。1946　年10月17　日遠東委員會透過一項叫做“日本新憲法檢查條例”的政策決議，才開啟了僵局。這個決議調和了下述兩種相反的觀點：盟軍最高統帥部認為已經給予充分時間來醞釀憲法，而反對的意見則認為行動太倉促了。具體說來，這一決議規定國會根據施行新憲法的實際經驗對它作進一步的修改。修改憲法定於憲法實施後第二年進行。最後，這個決議宣告，遠東委員會保留這項權利：它可以要求舉行公民投票或透過其他適當程式來弄清日本人對於新憲法的意見。盟軍最高統帥部對這項政策毫無熱情；它特別害怕這項政策在日本被人知道，就會使人民和國會對新的根本大法失去信任。所以，遠東委員會中的美國代表雖然也同意了這項政策，但有個條件，就是：向日本人公佈這項政策的時間和方式留待以後再決定。這一宣告終於在1947　年3　月20　日見報了。然而，遠東委員會和國會後來都沒有根據這項政策採取過任何行動。

新憲法在1946　年10　月29　日由樞密院批准後，1946　年11　月3　日正式頒佈，1947　年5　月3　日起生效。在天皇釋出的由各大臣副署的公告中，天皇對新憲法表示滿意，說現已按照日本國民的意志奠定了建設一個新日本的基礎，又說，新憲法是按照舊法律的修正條款起草的。

以上事實表明麥克阿瑟將軍和遠東委員會在憲法問題上意見不是最投合的。外國報界大事渲染他們之間的摩擦。1946　年6　月14　日，盟軍最高統帥部認為有必要正式否認存在這種摩擦。這恰好向公眾表明這種摩擦確實存在。實際上，盟軍最高統帥部迫切希望在國會透過憲法時避免任何糾紛。由於遠東委員會所作出的任何決議，凡是並不完全預設盟軍最高統帥部的行動的，