由於煙霧與上升氣流太過濃烈。空中救援活動無法進行，而且紐約市本身就缺乏專門進行空中救援的直升機。

九點鐘，美國聯邦航空管理局波士頓空中交通控制中心釋出命令，暫停其管轄區內所有飛機的起飛。緊接著，美國聯邦航空管理局禁止任何飛機進入紐約以及附近的波士頓、克利夫蘭與華盛頓領空。

兩分鐘後，美國聯邦航空管理局禁止全美國所有飛往或經過紐約領空的飛機起飛，紐約市全部隧道及大橋關閉。

九點二十四分，正在佛羅里達州一所小學教室參觀的美國總統喬治。布什接到第二架飛機撞擊世貿大樓的訊息，他在該堂課結束後立即在學校的另一個教室釋出了一段簡短的講話稱，美國正遭到恐怖分子襲擊，美國政府將對飛機失事原因展開全面調查，另外他稱事件是國家的悲劇。

與此同時，FAA通知NORAD東北空防部門，美國航空公司七十七次航班已經被劫持，他們連線討論美國航空公司七十七次航班與聯合航空公司九十三次航班的有關事宜。　隨後，美國聯邦航空管理局宣佈禁止全國所有民航班機起飛。

上午九點三十七分，美國航空公司七十七次航班，一架波音757飛機，撞入五角大樓西翼並且引起大火。被襲擊的部分剛剛翻新過，還沒有完全投入使用，但是仍然造成五角大廈西翼百餘人喪命。

上午九點四十五分，美國關閉其領空，禁止任何民航班機起飛，所有在飛行的班機必須立即在距離最近的機場降落，所有飛往美國的航班即刻改飛加拿大。

之後，FAA宣佈禁飛，其間只有軍事及救援飛機被允許起飛，這次是美國曆史上第四次停止所有在美商業航班的運作，並且是唯一的一次未經計劃的緊急措施。在此之前都是因國防需要而停飛所有飛機。

美國白宮與美國國會山關閉，周圍地段戒嚴，總統布什離開佛羅里達州。

上午九點五十九分零四秒，世界貿易中心南樓倒塌。透過電視臺的現場直播，全球億萬觀眾目睹了大樓的坍塌。

十點零三分，聯合航空公司九十三次班機在賓西法尼亞州尚克斯維爾東南部墜毀。警方調查報告表明，機上無人生還。後來的進一步調查顯示，飛機墜毀前有旅客透過行動電話與地面取得過聯絡，並且已經得知世界貿易中心與五角大樓遭到襲擊。

在得知自身即將成為自殺炸彈後，至少有三名乘客冒險奮勇還擊，試圖從劫機者手中重奪飛機控制權，很有可能是由於激烈的反抗導致飛機在未到達目的地前便墜毀。

白宮、財政部、國務院及其它主要政府機構內的人員開始撤離，五角大樓部分地區坍塌。紐約聯合國總部開始進行疏散，上萬人受影響。

十點二十八分零一秒，世界貿易中心北樓從上到下坍塌，在撞擊點以上的樓層無人生還。

北樓之所以要比南樓晚倒塌，主要有三個原因：撞擊點較高、飛機速度較慢，受影響樓層的防火系統已經被部分更新；位於雙塔附近的萬豪酒店、美國海關、希爾頓酒店等建築也遭到破壞。

上午十點三十九分，美國總統布什釋出命令，在緊急情況下，空軍可以擊落任何有可能進行襲擊的飛機。

CNN報導華盛頓與紐約市已經開始進行全面疏散工作，聯合國總部已經清空，幾分鐘後。紐約市長下令疏散曼哈頓地區。

在事件**有兩千九百九十八人罹難，共有四百一十一名救援人員在此事件中殉職。　當天的恐怖襲擊對美國及全球產生巨大的影響，這次事件是繼第二次世界大戰期間珍珠港事件後，歷史上第二次對美國造成重大傷亡的襲擊。

這次事件也是人類歷史上迄今為止最嚴重的恐怖襲擊事件，美國政府對此次事件的譴責和立場也受到大多數國家同情與支援，全球各地在事件後都有各種悼念活動，事發現場的清理工作持續到次年的年中。

911事件造成了對美國的重度打擊，全世界的人們都感到了恐懼，從而堅決反對類似911事件的再生，該事件也導致了此後國際範圍內的多國合作進行反恐怖行動。

美國911事件發生後，經濟一度處於癱瘓狀態。對一些產業造成了直接經濟損失和影響。地處紐約曼哈頓島的世界貿易中心是二十世紀七十年代初建起來的摩天大樓，造價高達十一億美元，是世界商業力量的會聚之地，來自世界各地的企業共計一千兩百家之多，平時有五萬人上班，每天來往辦事的業務人員和遊客約有十五萬人。

兩座直衝雲霄的大樓一下子化為烏有