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唐紹儀已去，內閣總理不可久懸，袁世凱只得在6月27日批准了唐紹儀的辭職，隨後提名外交總長陸徵祥為總理人選。最開始的時候，袁世凱並不想讓陸徵祥來接任總理，而是另有人選。在袁世凱還是直隸總督兼北洋大臣的時候，有兩個人在政務上對他的幫助特別大，一個是唐紹儀，另一個是徐世昌，可謂“左膀右臂”。如今“左膀”鬧翻了臉，袁世凱當時就想提名徐世昌來接任總理一職。可惜的是，徐世昌當時對清朝還有感情，不願出山；而同盟會的人認為徐世昌是前清老官僚，對共和*一竅不通，他們對此反應十分激烈，堅決反對提名徐世昌做內閣總理。

在這種情況下，袁世凱在6月29日向臨時參議院提名陸徵祥擔任總理職務。陸徵祥是上海人，他早年就讀於上海廣方言館（相當於現在的外語學院），後來又進了京師同文館學習，精通多國語言。陸徵祥做過多年的駐外公使，在外交界享有盛譽，對外情也瞭解至深，而且還娶了個比利時太太（某將軍之女）。更重要的是，陸徵祥是個超然派，他不屬於任何政黨勢力，因此容易被各方接受。　在當天的投票中，臨時參議院以74票透過、10票反對的表決結果高票透過了陸徵祥出任總理的提案。

在陸徵祥被任命為內閣總理後，同盟會本部會議鑑於唐紹儀混合內閣相互傾軋的教訓，決定讓內閣中的同盟會籍的國務員集體辭職，以免政黨之爭妨礙將來的施政。同盟會此舉，一來可以成全陸徵祥組建一個超然內閣，二來也表示同盟會元甘於犧牲，決不貪戀權位。但當蔡元培、宋教仁、王正廷等人派出代表向袁世凱提請辭職時，袁總統卻故作挽留，以示包容。原來，袁世凱並不懂什麼政黨內閣、超然內閣，不過希望延攬天下英才、為我所用，如果大家都辭職了，反是拆他的牆角，顯得他沒有威信。因此，袁世凱挽留的態度還是很誠懇的，他還不想這麼快就與同盟會決裂。

但同盟會對此卻不以為然，他們認為陸徵祥內閣也就是個過渡內閣，因為過段時間後參議院需要重新選舉（由臨時參議院變成正式國會），屆時由勝出的政黨進行組閣，內閣中全是一黨，豈不更方便？當時同盟會中持這種想法的人不少，宋教仁便是其中最堅決的。

為了表示辭職的決心，蔡元培等人寫信給新任內閣總理陸徵祥，稱同盟會國務員在7月14日後不再到部辦公，同盟會員也不再參加新的內閣。在同盟會員去意已決的情況下，袁世凱於7月14日簽署命令批准了蔡元培等人的辭職，同一天被免職還有交通總長施肇基（交通總長原是唐紹儀兼任，後由唐紹儀的親戚施肇基出任，這次自然是與唐紹儀同進退）及財政總長熊希齡，而工商總長陳其美一直沒有上任，自然也被免職。當然，內務總長趙秉鈞、陸軍總長段祺瑞及其海軍總長劉冠雄這三人卻仍舊巍然不動。

至於新總理陸徵祥，他開始並不是袁世凱的最佳人選，只是因為徐世昌不肯出山也不能透過，這才被袁世凱推到了前臺。陸徵祥常年在國外辦外交，外手是把好手，但他對於內政卻是一竅不通，因此他對組閣也缺乏信心，好在袁總統答應幫他物色新的內閣總長人選，陸徵祥這才答應出任總理職務。

儘管同盟會的宣告不再參加新內閣，但袁世凱不知是真的愛才如命還是故意挑撥同盟會內部的關係，他非得提名同盟會員孫毓筠、胡瑛及沈秉堃為教育、農林、工商三部總長。孫毓筠、胡瑛及沈秉堃三人均為老同盟會員，孫毓筠擔任過安徽都督，胡瑛擔任過煙臺都督，沈秉堃則擔任過廣西都督。不過，他們到北京就任參議員後，政治表現穩健，與袁世凱相處甚恰，因而得到提名。

對此，同盟會方面非常生氣，宋教仁指責袁世凱這是在“*”，並要求袁世凱尊重別黨決議。袁世凱自然不知道什麼“別黨不別黨”，他只管搞他的人才內閣。後來，因為共和黨對胡瑛有異議，因而袁世凱用王人文替換了胡瑛，最後提出的新內閣成員名單如下：

財政總長周自齊、交通總長鬍惟德

司法總長章宗祥、農林總長王人文

工商總長沈秉坤、教育總長孫毓筠

7月18日，陸徵祥前往臨時參議院發表施政演說，同時也提請參議院批准新的內閣人選。由於陸徵祥常年在外國辦理外務，之前又是高票透過，很多參議員都很想一睹其風采，因此對他的演說極其期待。

等陸徵祥翩然進入參議院後，